关于高标准农田建设中将农田变为林地是否合法的问题：
合法性分析：
- 高标准农田建设通常旨在提升农田的生产能力和质量，其核心目标在于保持和改善农田的农业用途。若未经合法程序和审批，擅自将农田变为林地，这很可能违反了土地管理法和农田保护的相关规定。
- 土地用途的变更，特别是从农田变为林地，需要经过严格的规划审批和土地用途变更手续。这通常涉及土地管理部门的评估、审批，并可能需要符合特定的土地利用规划和环保要求。
具体情形判断：
- 如果高标准农田建设项目中明确包含了将部分农田转为林地的计划，并且这一计划已经得到了相关土地管理部门的批准，那么这种转变就是合法的。
- 反之，如果没有经过合法审批，或者项目本身并不包含这样的转变计划，那么擅自将农田变为林地就是违法的。
关于是否要向农户发放林权证的问题：
林权证发放条件：
- 林权证是确认森林、林木和林地所有权或使用权的法律凭证。如果农田被合法转变为林地，并且农户是该林地的合法使用者或所有者，那么他们有权申请并获得林权证。
发放流程：
- 农户需要向当地林业主管部门提出申请，提交相关证明材料，如土地使用权证、转变审批文件等。
- 林业主管部门会对申请进行审核，如果符合条件，就会发放林权证。
特殊情况：
- 如果农田转变为林地并未经过合法审批，或者转变后的林地并不属于农户个人所有或使用，那么农户就无法获得林权证。
- 另外，即使农田被合法转变为林地，但如果该林地属于集体所有或国家所有，农户也只是作为使用者或承包者存在，他们可能获得的是林地使用权证或承包经营权证，而非林权证（具体取决于当地政策和法规）。
建议与总结：
- 对于农户来说，如果他们发现自己的农田被擅自转变为林地，或者对转变后的林地权益有疑问，应该及时向当地土地管理部门或林业主管部门咨询并寻求帮助。
- 如果农户希望获得林权证或其他相关权益证明，他们应该了解并遵守当地的申请流程和规定，确保自己的权益得到合法保障。
- 总的来说，高标准农田建设中将农田变为林地是否合法以及是否要向农户发放林权证，都取决于具体的法律法规、项目规划和审批情况。农户在面对这些问题时，应该保持警惕并寻求专业法律意见。
如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。