结论：将本是荒山的林地划为承包土地并发证是否合法，需根据具体情况判断，包括土地性质、发证程序是否合法合规等。以下从不同角度进行分析：
一、土地性质与规划
土地性质：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地分为农用地、建设用地和未利用地。荒山通常属于未利用地或林地（如果已造林）。
- 如果荒山被规划为林地，且未被调整为其他用途（如农用地或建设用地），则将其划为承包土地可能涉及土地用途的变更，需要依法办理相关手续。
土地规划：
- 土地利用总体规划是土地管理和利用的基本依据。如果荒山在土地利用总体规划中被确定为林地，且未被调整为承包地，那么将其划为承包土地并发证可能违反规划。
- 若规划已调整，允许将部分林地转为承包地，则需确保调整程序合法，并符合相关法律法规的规定。
二、发证程序
承包合同：
- 将土地划为承包土地，通常需要与土地所有者（如村集体）签订承包合同。合同应明确双方的权利义务、承包期限、承包费用等关键条款。
- 如果未签订承包合同或合同内容不合法，那么发证行为可能缺乏合法依据。
发证程序：
- 发证机关在颁发土地承包经营权证时，应严格审查承包合同的合法性、土地用途的合规性以及承包程序的公正性。
- 如果发证机关未依法履行审查职责，或存在其他违法行为（如滥用职权、徇私舞弊等），那么颁发的证书可能无效。
三、合法性判断与建议
合法性判断：
- 如果荒山被合法规划为承包地，且发证程序合法合规，那么将荒山划为承包土地并发证是合法的。
- 如果存在土地用途变更未获批、承包合同不合法或发证程序违规等情况，那么发证行为可能违法。
建议：
- 如果您认为发证行为违法，可以首先向当地土地管理部门或农村土地承包仲裁机构咨询或申请仲裁，了解具体情况并寻求解决方案。
- 如果仲裁无果或您对仲裁结果不满，可以考虑向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在处理此类问题时，除了关注土地性质和发证程序外，还应考虑当地政策、历史遗留问题等因素对合法性的影响。因此，在具体操作中，建议您咨询当地土地管理部门或专业律师，以获取更准确、全面的法律意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。