结论：农村土地承包经营权证上的土地被国土资源部门调规为林地是否合法，需根据具体情况判断，包括调规程序是否合法、是否符合土地利用总体规划、是否进行了相应的补偿等。以下从多个角度进行分析：
一、调规程序的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地利用总体规划的调整需经过法定程序，包括编制、审批、公告等环节。若国土资源部门在调规过程中未遵循这些法定程序，则调规行为可能因程序违法而无效。
程序要求：
- 调规前应进行充分的调查和评估，确保调规符合土地利用的总体规划和可持续发展要求。
- 调规过程中应广泛征求相关利益方的意见，包括土地承包经营权人、村民委员会等，确保调规的公正性和合理性。
- 调规结果应依法进行公告，保障公众的知情权和参与权。
二、调规与土地利用总体规划的符合性
规划要求：
- 土地利用总体规划是土地管理和利用的基本依据，调规必须符合规划的要求。若调规后的土地用途与土地利用总体规划不符，则调规行为可能因违反规划而无效。
规划调整：
- 若因特殊情况需要调整土地利用总体规划，应依法进行规划调整程序，包括编制调整方案、组织专家论证、报请上级政府审批等。
三、调规对土地承包经营权人的影响及补偿
影响分析：
- 调规可能导致土地承包经营权人的土地用途发生变化，进而影响其生产经营和收益。若调规导致土地承包经营权人遭受损失，应依法给予相应的补偿。
补偿原则：
- 补偿应遵循公平、合理、及时的原则，确保土地承包经营权人的合法权益不受侵害。
- 补偿方式可以包括货币补偿、土地置换等，具体方式应根据实际情况和双方协商确定。
四、具体操作建议
核实调规程序：
- 您可以向国土资源部门了解调规的具体程序，包括是否进行了充分的调查和评估、是否广泛征求了相关利益方的意见、调规结果是否依法进行了公告等。
对比土地利用总体规划：
- 您可以查阅当地的土地利用总体规划，对比调规后的土地用途是否与规划相符。若不符，您可以向相关部门提出异议并要求纠正。
协商补偿事宜：
- 若调规导致您遭受损失，您可以与国土资源部门协商补偿事宜。在协商过程中，您可以提出自己的合理诉求，并要求相关部门给予公平、合理的补偿。
寻求法律救济：
- 若您认为调规行为违法或补偿不合理，您可以依法向相关部门申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
总结：农村土地承包经营权证上的土地被国土资源部门调规为林地是否合法，需根据调规程序的合法性、与土地利用总体规划的符合性以及对土地承包经营权人的影响及补偿情况等多个方面进行综合判断。若您对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。