您好，关于您提到的退耕还林地有林权证但土地性质被标记为基本农田的问题，我可以给您一个明确的解答。

结论前置：退耕还林地，依据其特定的设立目的、土地性质转变及法律规定，明确不属于基本农田。您所持有的林权证是合法有效的，证明了该土地已经转变为林地。

详细分析：

1. 土地性质与转变：

   • 退耕还林地原本可能是易造成水土流失或土地沙化的耕地，通过政策引导，经过合法程序退出农业种植，转变为林地。这一转变是符合《退耕还林条例》的，且由县级以上人民政府依法发放林（草）权属证书，并办理土地变更登记手续。
   • 基本农田则是根据《基本农田保护条例》划定的，为满足一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求而不得占用的耕地。它受到严格的法律保护，具有长期性、稳定性和特殊保护性等特点。

2. 法律依据与区别：

   • 《退耕还林条例》明确规定了退耕土地还林后的权属变更和土地性质转变。
   • 《基本农田保护条例》则明确指出，需要退耕还林、还牧、还湖的耕地，不应当划入基本农田保护区。
   • 这两部法规的明确规定，说明了退耕还林地与基本农田在法律上的明确区别。

3. 您的实际情况：

   • 您所持有的林权证是证明该土地已经转变为林地的合法凭证。
   • 如果土地性质在相关部门的登记中仍然被标记为基本农田，这可能是由于登记信息未及时更新或存在其他行政管理上的疏忽。

建议与行动：

• 您可以持林权证及相关材料，向当地土地管理部门或林业部门咨询，了解土地性质登记信息未更新的原因，并申请更正登记信息。
• 如果遇到任何阻碍或纠纷，您可以依法维护自己的合法权益，包括申请行政复议或提起行政诉讼等法律途径。

综上所述，退耕还林地不属于基本农田，您所持有的林权证是合法有效的。希望这些信息能够帮助您解决当前的问题。如果您还有其他法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。