在土地同时具备基本农田属性、林权证和确权证的情况下，应以基本农田保护规定和土地确权证为准，林权证在涉及林地且不与基本农田冲突时有效。以下是详细分析：

1. 基本农田的特殊保护地位
   根据《基本农田保护条例》，基本农田是经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的不得占用的耕地，其保护优先级高于一般土地。若土地被划定为基本农田，无论是否持有林权证，均不得擅自改变用途用于林业生产（如植树造林），否则可能涉及违法占用基本农田的行政处罚甚至刑事责任。

2. 林权证的效力范围
   林权证是确认森林、林木、林地所有权或使用权的法律凭证，但其适用前提是土地性质为林地。若土地实际为耕地（尤其是基本农田），即使持有林权证，该证书也无法作为合法占用耕地的依据。此时需通过土地规划调整或补办农用地转用审批手续，将土地性质变更为林地后，林权证才能生效。

3. 土地确权证的权威性
   土地确权证（如农村土地承包经营权证、集体土地所有权证）是土地权属的法定证明文件，其登记内容（如地类、面积、四至）具有公示公信效力。若确权证明确记载土地为耕地（或基本农田），则应以确权证为准，林权证中与确权证冲突的部分（如地类登记）可能因登记错误或违法发证而无效。

4. 冲突解决路径

   • 行政核查：向当地自然资源部门申请土地调查，核实土地实际地类（通过遥感影像、现场勘查等方式）。
     
   • 证书更正：若发现林权证与确权证或土地规划冲突，可申请发证机关更正或注销错误证书。
     
   • 法律救济：对行政机关的登记行为或处罚决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：若您面临此类权属冲突，可携带土地相关证书（林权证、确权证、规划文件等）向我咨询，我将结合具体证据和地方政策，为您分析权属争议解决策略及法律风险。