有林权证的基本农田，其处理需兼顾林权证与基本农田保护法规，不可擅自改变农田用途。具体分析如下：

一. 林权证的法律效力

1. 林权证是权利证明：林权证是县级以上地方人民政府或国务院林业主管部门，依据《森林法》或《农村土地承包法》的有关规定，按照有关程序，对国家所有的或集体所有的森林、林木和林地，个人所有的林木和使用的林地，确认所有权或者使用权，并登记造册，发放的证书。它是林地使用权和林木所有权的法律凭证。

二. 基本农田的保护规定

1. 严格保护：根据《土地管理法》第三十五条，永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准。
2. 用途限制：基本农田主要用于粮食生产，不得擅自转为其他用途，特别是非农建设。

三. 处理建议

1. 核查证件与实际情况：首先，需要核查林权证的具体内容，包括林地的位置、面积、四至范围等，以及基本农田的划定情况，确认是否存在冲突或误解。
2. 遵守法律法规：在处理过程中，必须严格遵守《土地管理法》、《森林法》等相关法律法规，不得擅自改变基本农田的用途。
3. 协商解决：如果林权证与基本农田存在冲突，建议与相关部门或权利人进行协商，寻求合理的解决方案，如调整林地范围、补偿等。
4. 咨询专业机构：在处理过程中，可以寻求土地管理部门、林业部门或法律机构的帮助，以确保处理方案的合法性和合理性。

我建议，在处理有林权证的基本农田时，应充分考虑林权证的法律效力和基本农田的保护规定，不得擅自改变农田用途。如有进一步需要，您可以继续咨询我。