结论：合同到期时的补偿（经济补偿金）是否一样，主要取决于劳动合同的期限以及是否符合支付经济补偿金的法定条件，三年期和六年期劳动合同到期时，若均符合支付经济补偿金的条件，且其他条件相同，则补偿标准在计算上可能相同，但实际补偿金额可能因工作年限不同而有所差异。以下是对此问题的详细分析：
一、经济补偿金的支付条件
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金主要在以下情况下支付：
- 劳动合同到期终止：除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，劳动合同到期终止时，用人单位应当向劳动者支付经济补偿金。
- 用人单位解除劳动合同：如用人单位因经济性裁员、劳动者不能胜任工作等原因解除劳动合同的，也需支付经济补偿金。
二、经济补偿金的计算标准
经济补偿金的计算标准主要依据劳动者在本单位的工作年限和月工资来确定。具体计算公式为：
\(经济补偿金 = 工作年限 \times 月工资\)
其中：
- 工作年限：指劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资：指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
三、三年期与六年期劳动合同到期时的补偿差异
若均符合支付条件：
- 对于三年期的劳动合同，若到期终止且符合支付经济补偿金的条件，劳动者将获得3个月工资的经济补偿（假设工作年限恰好为3年）。
- 对于六年期的劳动合同，若到期终止且符合支付经济补偿金的条件，劳动者将获得6个月工资的经济补偿（假设工作年限恰好为6年）。
- 但需注意：如果三年期合同到期后，劳动者继续在用人单位工作，且后续又签订了新的劳动合同（如再签三年），那么当这份新合同也到期时，若同样符合支付条件，劳动者将获得的是基于这新三年工作年限的经济补偿，即3个月工资（假设这三年内没有其他影响工作年限的因素）。然而，如果考虑整个六年期间（即第一个三年合同加上后续的三年工作），且均符合支付条件，那么劳动者理论上应获得的是基于六年工作年限的经济补偿，即6个月工资。但这种情况下的“六年”并非单一六年期合同，而是两个三年期合同的连续。
- 直接对比三年期和六年期合同：在单一合同期限内，六年期合同到期时的经济补偿金（6个月工资）显然多于三年期合同到期时的经济补偿金（3个月工资），前提是两者的月工资相同且均符合支付条件。
若不符合支付条件：
- 无论是三年期还是六年期的劳动合同，如果到期终止时不符合支付经济补偿金的条件（如用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订），则用人单位无需支付经济补偿金。
四、特殊情况下的补偿
- 高工资劳动者：如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
- 连续工作年限：对于劳动者在用人单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的等情况，用人单位不得依照《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同，但这并不直接影响合同到期时的经济补偿金支付，除非合同到期终止且符合支付条件。
建议：在实际操作中，经济补偿金的支付还受到多种因素的影响，如劳动合同的具体条款、用人单位的规章制度、地方性法规等。因此，在面临合同到期或解除时，建议劳动者及时咨询专业律师（即向我咨询），以了解自己的具体权益和应得的补偿。