结论：公司不配合员工办理健康证，员工是否可以要求赔偿，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、健康证办理的法律规定与责任归属
法律规定：
- 根据相关法律法规，某些特定行业（如食品、餐饮、公共场所服务等）的员工需要办理健康证，这是为了保障公共卫生和消费者健康。
- 办理健康证通常是员工的个人责任，但公司作为用人单位，有义务告知员工相关要求，并在必要时提供协助（如提供办理健康证所需的证明材料等）。
责任归属：
- 如果公司未履行告知义务或未提供必要协助，导致员工无法及时办理健康证，进而影响工作或遭受损失，公司可能需承担一定责任。
- 但若员工自身未主动了解或办理健康证，且公司已尽到告知和协助义务，则公司通常无需承担责任。
二、公司不配合办理健康证的具体情形与赔偿可能性
公司故意阻挠：
- 如果公司故意阻挠员工办理健康证，如拒绝提供证明材料、设置不合理障碍等，导致员工无法办理或延误办理，员工可以要求公司承担因此造成的损失。
- 损失可能包括因无法工作而减少的收入、因延误办理而产生的额外费用等。
公司过失导致：
- 如果公司因过失（如疏忽、管理不善等）导致员工无法及时办理健康证，员工也可以要求公司承担相应责任。
- 但这种情况下，员工需要证明公司的过失与自身损失之间存在因果关系。
员工自身原因：
- 如果员工因自身原因（如未主动了解、未按时办理等）导致无法办理健康证，且公司已尽到告知和协助义务，则员工通常无法要求公司赔偿。
三、员工如何维护自身权益
与公司沟通：
- 员工应首先与公司沟通，了解公司不配合办理健康证的具体原因，并尝试协商解决。
收集证据：
- 如果公司存在故意阻挠或过失行为，员工应收集相关证据（如公司通知、聊天记录、证明材料等），以备后续维权之需。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
建议：员工在遇到公司不配合办理健康证的情况时，应保持冷静，先与公司沟通了解原因，并尝试协商解决。如果无法协商解决，再考虑通过法律途径维护自身权益。同时，员工也应主动了解相关法律法规和行业要求，确保自身符合工作条件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。