核心结论：员工已确定劳动关系却以灵活就业身份缴纳养老保险，起诉要求公司承担相关责任，主要源于公司未依法履行社保缴纳义务，员工为保障自身权益而采取法律行动，以下从不同角度详细说明：
- 公司未履行法定义务角度
- 根据《社会保险法》等相关法律法规，用人单位与劳动者建立劳动关系后，有义务为员工办理社会保险登记并缴纳社会保险费，这其中包括养老保险。然而，有些公司出于降低成本等目的，未按照规定为员工办理职工养老保险参保手续，导致员工无法通过公司正常缴纳职工养老保险。
- 在这种情况下，员工为了使自己的养老权益得到一定保障，可能不得不选择以灵活就业人员身份自行缴纳养老保险。但这种自行缴纳的行为并不能免除公司应承担的法律责任，员工有权起诉要求公司承担其本应缴纳的养老保险费用部分，以维护自己的合法权益。例如，公司应按照员工工资的一定比例缴纳养老保险费，这部分费用原本应由公司承担，却因公司未履行义务而转嫁到员工身上，员工自然可以要求公司返还或补缴。
- 员工权益保护角度
- 养老保险是员工重要的社会保障权益之一，关系到员工退休后的生活质量。当公司未依法为员工缴纳养老保险时，员工的养老权益受到侵害。员工以灵活就业身份缴纳养老保险，虽然在一定程度上保障了自己的养老权益，但这种保障并不完整，因为灵活就业人员缴纳养老保险的比例和基数等与职工养老保险可能存在差异，且员工自行承担了全部费用，增加了经济负担。
- 为了弥补这种损失，获得应有的养老保障，员工会选择通过法律途径起诉公司，要求公司承担其应缴纳的养老保险费用，使自己的养老权益恢复到应有的状态。比如，员工可能因为公司未缴纳养老保险，导致退休后领取的养老金数额减少，通过起诉要求公司承担责任，可以保障自己能够获得合理的养老金待遇。
- 法律意识增强角度
- 随着社会法治意识的不断提高，员工对自身权益的保护意识也在增强。过去，一些员工可能对公司未缴纳养老保险的情况采取容忍态度，或者不了解自己可以通过法律途径维护权益。但现在，越来越多的员工了解到相关法律法规，知道公司未依法缴纳养老保险是违法行为，自己有权要求公司承担责任。
- 因此，当员工发现自己以灵活就业身份缴纳养老保险是由于公司未履行义务导致时，会积极运用法律武器，通过起诉等方式要求公司承担相应的法律责任，以维护自己的合法权益。例如，员工可能会咨询法律专业人士或通过其他渠道了解到自己的权益，从而决定采取法律行动。