关于月休超过四天时如何扣工资的问题，这实际上涉及到工资计算方式的多个方面，需要依据《劳动法》及相关法律法规，并结合劳动合同中的具体约定来进行解答。以下是一个详细且深入的解答：
首先，我们要明确的是，月休超过四天并不意味着工资一定会被扣减。工资的计算方式通常取决于劳动合同中的约定以及公司的规章制度。在大多数情况下，公司会按照员工的实际出勤天数来计算工资，而不是简单地根据月休天数来扣减。
一、工资计算的基本原则
日工资计算：
- 日工资通常是通过将月工资收入除以月计薪天数来得出的。月计薪天数的计算方式有多种，但常用的有21.75天（这是通过（365天-104天休息日）÷12个月得出的）或其他根据全年法定节假日和双休日调整后的天数。
月工资计算：
- 月工资则可以通过日工资乘以实际出勤天数（不含法定节假日出勤，除非特别约定）来计算。如果员工在法定节假日也出勤，那么这部分工资通常会被单独计算并支付。
二、月休超过四天时的工资处理
合同约定优先：
- 如果劳动合同中明确规定了月休天数以及超过月休天数时的工资处理方式，那么公司应按照合同约定来执行。例如，合同可能规定月休4天为正常，超过4天则按事假或病假处理，并相应扣减工资。
无明确约定时的处理：
- 如果劳动合同中没有明确规定，那么公司应依据相关法律法规和公司的规章制度来处理。在这种情况下，公司通常不会简单地因为月休超过四天就扣减工资，而是会考虑员工的实际出勤情况、加班情况以及公司的薪酬制度等因素。
加班工资的考虑：
- 如果员工在月休期间加班，那么公司应按照加班工资的计算标准来支付加班费。工作日加班按正常工资的1.5倍计算，休息日加班未补休按2倍计算，法定节假日加班按3倍计算。
三、建议与注意事项
明确合同条款：
- 为了避免未来可能出现的纠纷，建议用人单位和劳动者在签署劳动合同时，明确工资计算方式、支付时间、月休天数以及超过月休天数时的工资处理方式等关键条款。
遵守法律法规：
- 公司在处理工资问题时，应严格遵守《劳动法》及相关法律法规的规定，确保工资计算的准确性和合法性。
沟通与协商：
- 如果员工对工资计算方式有疑问或不满，建议与公司进行沟通与协商，以寻求双方都能接受的解决方案。
综上所述，月休超过四天时如何扣工资并没有一个固定的答案，而是取决于劳动合同中的约定、公司的规章制度以及相关法律法规的规定。因此，在处理这类问题时，建议双方保持沟通、明确约定，并依法依规进行操作。