休息扣双倍工资作为加班的“惩罚”或“替代”做法，在大多数情况下是违法的。不过，具体是否违法还需根据实际情况来判断，以下从不同角度为你详细分析：
合法情况分析
正常支付加班费：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这是劳动者在休息日被安排工作时应得的合法报酬。
- 如果用人单位在休息日安排加班，并按照法律规定支付了双倍工资，那么这种做法是合法的。
安排补休替代加班费：
- 法律也允许用人单位在安排劳动者休息日加班后，通过安排补休来替代支付双倍工资。例如，劳动者在周末加班了8小时，用人单位在工作日为其安排了8小时的调休，这种情况是符合法律规定的。
违法情况分析
未支付加班费也未安排补休：
- 如果用人单位在休息日安排劳动者加班，既未支付双倍工资，也未安排补休，那么这种做法明显违反了劳动法的相关规定。
- 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位支付应得的加班费或安排补休，并可以通过协商、投诉、申请仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
以扣双倍工资作为加班的“惩罚”：
- 有些用人单位可能会以扣双倍工资作为对劳动者休息日加班的“惩罚”或“替代”做法，这种做法是完全违法的。
- 劳动者在休息日加班是应得相应报酬的，用人单位无权以任何理由扣减其工资，更不能以扣双倍工资作为加班的“惩罚”。
法律建议
- 了解自己的权益：劳动者应充分了解自己在休息日加班时应获得的报酬权益，包括加班费和补休等。
- 与用人单位协商：如果发现用人单位存在违法扣减工资或未支付加班费的情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求支付应得的报酬或安排补休。
- 寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁、提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
总结来说，休息扣双倍工资作为加班的“惩罚”或“替代”做法，在大多数情况下是违法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到用人单位违法扣减工资或未支付加班费的情况时，积极采取措施来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。