结论：公司扣了两年的绩效，员工能否要回以及能要回多少，需根据具体情况判断，包括劳动合同的约定、公司规章制度、扣绩效的原因及合法性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放标准、条件及时间，且公司扣绩效的行为违反了这些约定，那么员工有权要求公司按照合同约定补发被扣的绩效工资。
- 计算公式（假设每月应发绩效为P，已扣月份为n）：应补发绩效工资 = P × n
公司规章制度有规定：
- 如果公司规章制度中规定了绩效工资的发放规则，且这些规则不违反法律法规的强制性规定，同时员工也知晓并同意这些规则，那么公司扣绩效的行为可能具有一定的合法性。但即便如此，如果公司扣绩效的理由不充分或程序不合法，员工仍有可能要求部分或全部补发。
- 分析：在此情况下，能否要回及要回多少，需根据规章制度的具体内容、扣绩效的理由及程序等因素综合判断。
二、扣绩效原因及合法性的角度
合法扣减：
- 如果公司扣绩效是因为员工存在严重违反公司规章制度、失职、营私舞弊等行为，且这些行为给公司造成了重大损失，同时公司扣绩效的行为符合法律法规及劳动合同、规章制度的约定，那么这种扣减可能是合法的，员工可能无法要求补发。
非法扣减：
- 如果公司扣绩效没有合法依据，如无正当理由、未按照法定程序或合同约定进行扣减，那么这种扣减就是非法的，员工有权要求公司补发被扣的绩效工资。
- 额外考虑：如果公司非法扣减绩效工资的行为还涉及其他违法行为，如未按时足额支付劳动报酬等，员工还可以根据《劳动合同法》的相关规定，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
三、实际操作建议
收集证据：
- 员工应首先收集与绩效工资相关的证据，如劳动合同、公司规章制度、工资条、考勤记录、工作成果等，以证明自己的权益。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司补发被扣的绩效工资。协商过程中，员工应保持冷静、理性，明确表达自己的诉求和依据。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司补发绩效工资及可能的赔偿。对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向法院提起诉讼。
总结与建议：公司扣了两年的绩效，员工能否要回及要回多少，需根据具体情况判断。建议员工首先收集相关证据，然后与公司进行协商。协商无果的，可以申请劳动仲裁或提起诉讼。在整个过程中，员工应保持冷静、理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。