结论：跑外卖发工资时扣除百分之三的手续费是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若该手续费无合法依据或未经劳动者同意，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同及约定角度
劳动合同中有明确约定：
- 如果劳动者与用人单位（或外卖平台、配送公司等）在劳动合同中明确约定了工资发放时需扣除一定比例的手续费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，扣除的比例也应当合理，不能过分高于实际产生的费用。
劳动合同中无明确约定：
- 如果劳动合同中没有明确约定工资发放时需扣除手续费，那么用人单位或外卖平台等单方面扣除手续费的行为就缺乏合法依据，可能构成违法。
二、从法律法规角度
《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》：
- 根据这些法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。
- 如果手续费扣除没有合法依据，或者扣除的比例过高，超出了合理范围，那么这种行为就可能违反了上述法律法规的规定。
其他相关法律法规：
- 除了劳动法相关法律法规外，还需要考虑是否有其他相关法律法规对工资发放和手续费扣除有具体规定。例如，某些地区可能有地方性法规或规章对工资发放有特别规定。
三、从实际操作和合理性角度
手续费的合理性：
- 即使劳动合同中有约定扣除手续费，也需要考虑该手续费的合理性。如果手续费过高，超出了实际产生的费用（如银行转账手续费等），那么这种扣除就可能被视为不合理，从而构成违法。
劳动者的知情权：
- 劳动者有权知道自己的工资构成和扣除项目。如果用人单位或外卖平台等在扣除手续费前没有告知劳动者，或者告知不充分，那么这种行为就可能侵犯了劳动者的知情权，从而构成违法。
四、建议与行动
与用人单位沟通：
- 如果劳动者对工资发放时扣除的手续费有疑问或不满，首先应当与用人单位进行沟通，了解扣除的具体原因和依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果沟通无果，或者认为用人单位的行为违法，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求帮助和支持。
寻求法律援助：
- 在必要时，劳动者还可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设小张是一名外卖骑手，他的劳动合同中没有明确约定工资发放时需扣除手续费。然而，在发放工资时，公司却扣除了他百分之三的手续费。在这种情况下，小张有权向公司询问扣除的原因和依据，并要求公司退还非法扣除的手续费。如果公司拒绝退还或无法给出合理解释，小张可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：跑外卖发工资时扣除百分之三的手续费是否合法，需根据劳动合同的约定、法律法规的规定以及实际操作和合理性来判断。如果劳动者对此有疑问或不满，建议与用人单位沟通、向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。如果你有更多关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。