结论：第三方公司发工资扣百分之6是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

一、合法扣款情形

1. 代扣代缴个人所得税：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。如果第三方公司作为扣缴义务人，按照税法规定代扣代缴了您的个人所得税，那么这种扣款是合法的。
   • 计算公式（以月工资为例，假设不考虑专项扣除、专项附加扣除等）：应纳税所得额 = 月工资 - 起征点（目前为5000元/月）；应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。如果第三方公司按照这一公式计算并代扣了税款，那么扣款是合法的。但需要注意的是，实际扣款比例会因应纳税所得额的不同而有所变化，不一定是固定的6%。

2. 代扣代缴社会保险费和住房公积金：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》和《住房公积金管理条例》的规定，用人单位（包括第三方公司，如果其与您存在劳动关系）应当为您缴纳社会保险费和住房公积金。如果第三方公司按照规定的比例代扣了您的社会保险费和住房公积金，那么这种扣款也是合法的。
   • 具体比例：社会保险费和住房公积金的缴纳比例因地区和政策而异，但通常包括个人缴纳部分和单位缴纳部分。如果第三方公司仅代扣了您个人应缴纳的部分，且比例符合当地政策规定，那么扣款是合法的。

3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等：

   • 如果存在法院判决、裁定等法律文书，要求第三方公司从您的工资中代扣抚养费、赡养费等费用，那么这种扣款也是合法的。

二、非法扣款情形

1. 未经您同意擅自扣款：

   • 如果第三方公司未经您同意，擅自从您的工资中扣除了6%的费用，且这种扣款不属于上述合法扣款情形之一，那么这种扣款是非法的。

2. 扣款比例超出法定范围：

   • 即使第三方公司代扣代缴的是个人所得税、社会保险费或住房公积金等合法费用，但如果扣款比例超出了税法或相关政策规定的范围，那么超出部分的扣款也是非法的。

3. 以其他名义非法扣款：

   • 如果第三方公司以罚款、违约金等其他名义从您的工资中扣款，且这种扣款没有法律依据或合同依据，那么这种扣款也是非法的。

三、建议与行动

1. 核实扣款原因：

   • 首先，您应该向第三方公司了解扣款的具体原因和依据，确保扣款是合法的。

2. 核对扣款金额：

   • 其次，您应该核对扣款金额是否与税法或相关政策规定的比例相符，确保没有超出法定范围。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果您认为第三方公司的扣款是非法的，或者您对扣款有疑问和争议，可以向我咨询或寻求其他法律帮助。我可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。

总之，第三方公司发工资扣百分之6是否合法，需要结合具体情况来判断。如果您对扣款有疑问或争议，建议及时核实扣款原因和金额，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。