不合法，用人单位无权对员工处以五万元罚款。具体分析如下：

1. 健康证办理的法律规定
   根据《食品安全法》《公共场所卫生管理条例》等法规，从事食品生产经营、公共场所服务等行业的人员必须办理健康证，这是员工的法定义务。但法律未赋予用人单位对员工未办证行为直接罚款的权力。

2. 用人单位罚款权的限制

   • 仅限特定情形：根据《劳动合同法》及地方规定，用人单位仅能在员工造成经济损失、违反规章制度且规章制度经民主程序制定并公示等情形下，按比例扣减工资或要求赔偿，罚款金额需合理且不得超过月工资20%。
     
   • 五万元罚款明显违法：该金额远超员工月工资，且未办健康证通常不直接导致经济损失，用人单位无权设定如此高额罚款。

3. 合法处理方式

   • 督促办理：用人单位可要求员工限期办理健康证，否则可能面临行政处罚（如市场监管部门对单位的罚款）。
     
   • 解除合同：若员工拒不办理且属于岗位必需条件，用人单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，但无需支付经济补偿。
     
   • 举报违规：用人单位可向卫生健康部门举报员工未办证行为，由行政部门处罚。

4. 员工应对建议

   • 拒绝非法罚款：若被罚款，可要求用人单位出具书面处罚依据，并保留工资条、罚款通知等证据。
     
   • 投诉或仲裁：向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款并可能要求赔偿。

总结：用人单位以未办健康证为由罚款五万元无法律依据，员工有权拒绝并可通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。