核心结论：一个合同中存在两个乙方且涉及开票问题时，需根据合同性质、双方权利义务划分及税务规定综合处理，具体分为以下两种情形：

1. 合同明确约定各自义务及开票主体

• 处理方式：若合同中明确区分了两个乙方的义务范围（如一方提供货物、另一方提供服务），并约定各自向甲方开具对应发票，则按合同约定执行。
  • 操作要点：

       1. 在合同中增加“发票条款”，明确约定：
     - 每个乙方的开票内容（如货物名称、服务类型）、税率、金额；
     - 开票时间（如与付款进度挂钩）；
     - 发票类型（增值税专用发票/普通发票）。
       2. 甲方需分别向两个乙方支付对应款项，并要求其按约定开票。
    

  • 法律依据：根据《民法典》第490条，合同生效后，当事人应按约定履行义务；《增值税暂行条例》第21条，销售方需向购买方开具发票。

2. 合同未明确约定或需共同开票

• 处理方式：若两个乙方需共同承担合同义务（如联合体承包工程），且需统一向甲方开票，需通过以下方式处理：
  • 方案一：由一方作为开票主体

       - 两个乙方内部签订协议，约定由其中一方（如主导方）统一向甲方开具发票，另一方将自身份额的款项支付给开票方，并由开票方转付给实际提供服务/货物的一方。
       - **风险点**：需确保内部协议合法有效，避免被认定为“虚开发票”（如无真实交易背景）。
    

  • 方案二：分别开票但合并付款

       - 甲方与两个乙方约定：甲方将总款项支付至共同账户（或按比例分别支付），两个乙方分别开具对应金额的发票。
       - **操作要点**：需在合同中明确付款方式与开票义务的对应关系，避免税务争议。
    

  • 方案三：申请税务机关代开发票

       - 若两个乙方为自然人或小规模纳税人，无法自行开具发票，可协商由甲方代扣代缴税款后，向税务机关申请代开发票。
       - **法律依据**：根据《发票管理办法》第16条，需临时使用发票的单位和个人，可凭相关证明向税务机关申请代开。
    

税务合规建议

1. 避免“三流不一致”：确保合同流、资金流、发票流一致（即合同签订方、收款方、开票方为同一主体），否则可能被税务机关认定为虚开发票。
2. 明确税负承担：在合同中约定增值税及其他税费的承担方（如由甲方承担或按比例分摊），避免后续纠纷。
3. 留存证据：保存合同、付款凭证、开票记录等文件，以备税务检查。

提示：若涉及复杂交易结构（如混合销售、兼营行为），建议进一步提供合同细节，以便针对性分析税务风险及合规方案。