核心结论：合同约定9个点开票却实际按3个点开票，可能涉及合同履行、税务合规及违约责任问题，需根据具体情况采取不同处理方式。以下是具体分析及建议：

1. 合同条款的效力与履行

• 合同约定优先：若合同明确约定“开票税率为9%”，则双方应按此履行。实际按3%开票可能构成违约，守约方有权要求对方按合同履行（如补开9%发票）或承担违约责任（如赔偿损失）。
• 例外情形：若合同中存在“税率调整条款”（如约定“按国家最新税率执行”），且开票时税率已从9%降至3%，则实际按3%开票可能合法。此时需核查税率调整的官方文件（如税务总局公告）及合同条款的具体表述。

2. 税务合规风险

• 虚开发票风险：若实际交易内容与发票税率不符（如本应按9%计税却按3%开具），可能被税务机关认定为“虚开发票”，面临补缴税款、滞纳金及罚款（最高可达应纳税额的1倍）。
• 进项抵扣风险：若接收方按3%发票抵扣进项税，而实际交易应按9%计税，可能导致进项税额多抵，需做进项转出并补缴税款，甚至引发税务稽查。

3. 处理建议

• 协商解决：双方可协商调整合同条款（如修改税率约定）或补足税款差额，并签订补充协议明确责任。
• 法律途径：若协商无果，守约方可依据《民法典》第577条要求违约方继续履行、赔偿损失，或解除合同并主张违约金。
• 税务合规补救：立即向税务机关说明情况，按实际交易内容补开或换开发票，避免行政处罚。

4. 关键证据留存

• 保存合同原件、开票记录、沟通记录（如邮件、微信）等证据，以证明合同约定与实际履行情况。
• 若涉及税率调整，需留存税务机关发布的税率调整文件作为依据。

提示：税务问题具有专业性，建议结合具体交易背景（如货物类型、服务内容）及合同条款进一步分析。若有疑问，可直接向我提供合同文本及开票详情，我将为您定制解决方案。