当合同与开票信息不一致时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。为了确保合同的合法性、有效性和税务合规性，避免潜在的法律风险和纠纷，您可以按照以下步骤进行处理：
一、查明不一致的原因
首先，您需要核实合同签订人和开票人的具体身份及关系，了解不一致的原因。可能的原因包括：
- 委托代理关系：合同签订人可能受开票人的委托签订合同，实际交易主体是开票人。
- 关联交易：合同签订人与开票人可能存在关联关系，如母子公司、总分公司等。
- 交易主体变更：合同履行过程中可能发生交易主体的变更。
二、根据原因采取相应的措施
对于委托代理关系：
- 要求合同签订人提供有效的授权委托书，明确委托事项、权限和期限等关键信息，并保存作为证据。
- 交易双方可签订补充协议，明确开票人的身份及其权利和义务。
对于关联交易：
- 确认关联交易是否符合法律法规和公司规定，避免利益输送等问题。
- 保存相关关联交易的文件和记录，以备后续可能需要的审核或查询。
对于交易主体变更：
- 查看是否有相关的书面协议证明交易主体的变更，并确保变更后的交易主体具有合法的开票资格。
- 如有必要，更新合同或签订新的补充协议以反映这一变更。
三、防范法律风险与纠纷
合同效力问题：
- 仔细审查合同条款，确认是否存在关于开票主体的特别约定或补充协议。
- 如无相关约定，应考虑通过修改合同或签订补充协议来明确开票人的身份和责任。
税务风险：
- 确保发票的开具和使用符合税法规定，避免被税务机关视为虚开发票。
- 如有必要，主动向税务机关说明情况并提供证明材料，以避免税务风险。
法律纠纷：
- 在合同签订前进行充分的尽职调查，确保合同签订人与开票人为同一主体或存在合法的委托代理关系。
- 如发生纠纷，应及时咨询专业律师并寻求合适的解决方案。
四、具体操作建议
- 核实并沟通：首先核实情况，然后与合同对方进行沟通，尝试通过修改合同或补充协议的方式解决问题。
- 法律咨询：如无法协商解决或涉及复杂的法律问题，应咨询专业律师以了解法律风险并寻求合适的解决方案。
- 考虑重新签订合同：在某些情况下，为了确保合同的合法性和有效性，可能需要考虑与对方重新签订合同，并确保合同签订人与开票人为同一主体。
- 保留证据：妥善保存所有与业务相关的文件和资料，以备后续可能需要的查询或证明。
综上所述，处理合同与开票信息不一致的情况需要谨慎对待，务必确保所有行为都符合法律法规的要求。通过查明原因、采取相应措施、防范法律风险和纠纷，您可以有效地解决这一问题，并确保交易的顺利进行。