当协议中存在两个乙方时，这种安排是完全合法且在实际商业活动中较为常见的。关键在于如何妥善处理和明确相关事宜，以确保协议的合法性和有效性，并促进交易的顺利进行。以下是一些具体的建议：
一、明确乙方身份
详细列出乙方信息：在协议中，必须清晰、准确地列出两个乙方的全称、注册地址、法定代表人或授权代表等关键信息。这有助于确认乙方的身份，避免后续因身份不明而产生的纠纷。
确认乙方资格：确保两个乙方都具备签订和履行协议所需的法律资格和资质。例如，如果协议涉及特定行业的业务，乙方应持有相应的行业许可证或资质证书。
二、分配权利与义务
共同权利义务：如果两个乙方在协议中共同享有某些权利或共同承担某些义务，应在协议中明确说明。例如，他们可能共同出资、共享收益、共担风险等。
分别权利义务：如果两个乙方在协议中分别享有不同的权利或承担不同的义务，也应在协议中详细界定。这有助于避免混淆和纠纷，确保各方能够按照协议履行自己的责任。
三、明确乙方之间的关系
连带责任或按份责任：在协议中，需要明确两个乙方之间的关系是连带责任还是按份责任。连带责任意味着任何一方乙方都有义务履行全部协议义务，而按份责任则根据各方约定的比例来分配责任。
协调机制：如果两个乙方在协议履行过程中需要相互协作或配合，协议中应设立相应的协调机制。例如，可以设立联合管理委员会或指定联络人等，以确保各方能够及时沟通、解决问题。
四、其他注意事项
协议条款的清晰性：确保协议中的所有条款都清晰、明确，没有歧义。这有助于避免后续因条款理解不一致而产生的纠纷。
法律审查：在签订协议前，建议对协议进行法律审查，以确保其符合相关法律法规的要求，并保护各方的合法权益。
签署和盖章：确保协议由两个乙方的法定代表人或授权代表签署，并加盖公司公章或合同专用章，以确认协议的合法性和有效性。
综上所述，当协议中存在两个乙方时，关键在于明确乙方身份、分配权利与义务、明确乙方之间的关系，并注意协议条款的清晰性、法律审查和签署盖章等事宜。这样能够确保协议的合法性和有效性，并促进交易的顺利进行。