结论：在自家非基本农田上建的小型养殖厂是否会被拆，主要取决于是否办理了合法的审批手续以及是否符合当地的土地利用规划和相关政策。以下是对此问题的详细分析：
一、合法审批与规划符合性
合法审批：
- 根据《土地管理法》及相关规定，任何单位或个人在土地上进行建设活动，都必须依法取得相应的土地使用权，并办理规划、建设等审批手续。
- 如果您在非基本农田上建设小型养殖厂，已经办理了合法的用地审批、规划许可等手续，且符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么该养殖厂通常是合法的，不会被拆除。
规划符合性：
- 除了合法审批外，养殖厂的建设还需符合当地的土地利用规划和相关政策。例如，某些地区可能对养殖场的规模、布局、环保等方面有具体要求。
- 如果您的养殖厂符合这些规划和政策要求，那么其合法性将得到进一步保障，被拆除的风险将大大降低。
二、违法建设与拆除风险
违法建设：
- 如果您未办理任何审批手续，擅自占用非基本农田建设小型养殖厂，那么该行为将构成违法建设。
- 根据《土地管理法》和《城乡规划法》的相关规定，违法建设可能面临被责令停止建设、限期改正、罚款乃至拆除等法律后果。
拆除风险：
- 在违法建设的情况下，如果相关部门认定您的养殖厂对土地利用、城乡规划或环境保护等造成了严重影响，那么该养殖厂将面临被拆除的风险。
- 拆除决定通常由当地政府或相关部门依法作出，并会告知您相应的法律后果和救济途径。
三、特殊情况与考虑因素
历史遗留问题：
- 如果您的养殖厂建设时间较早，且当时的相关法律法规或政策对审批手续的要求不明确或较为宽松，那么可能存在一定的历史遗留问题。
- 在这种情况下，政府相关部门可能会综合考虑实际情况，采取整改、补办手续等措施，而不一定直接拆除养殖厂。
环保与防疫要求：
- 除了土地利用和规划方面的要求外，养殖厂的建设还需符合环保和防疫等方面的规定。
- 如果您的养殖厂在环保或防疫方面存在严重问题，那么即使其建设在非基本农田上且已办理合法审批手续，也可能面临被整改或关闭的风险。
四、建议与措施
咨询与合规：
- 如果您计划在非基本农田上建设小型养殖厂，建议先咨询当地政府或相关部门，了解具体的审批流程和政策要求。
- 在建设过程中，务必确保所有手续合法合规，避免违法建设带来的法律风险。
风险预防与应对：
- 为降低被拆除的风险，您可以定期对养殖厂进行自查自纠，确保其符合当地的土地利用规划、城乡规划和相关政策要求。
- 如果面临被拆除的风险，您可以及时与相关部门沟通协商，寻求合理的解决方案或救济途径。
总结：在自家非基本农田上建的小型养殖厂是否会被拆，主要取决于是否办理了合法的审批手续以及是否符合当地的土地利用规划和相关政策。为确保养殖厂的合法性并降低被拆除的风险，建议您在建设前充分了解相关法律法规和政策要求，并办理所有必要的审批手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。