针对您提出的“占用基本农田建设养殖场两年后补办了手续如果追究还会被拆除吗”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：占用基本农田建设养殖场，即使两年后补办了手续，仍存在被拆除的风险，具体取决于补办手续的合法性和相关部门的认定。

分析说明：

1. 基本农田的保护规定：

   • 基本农田是国家重点保护的耕地，根据相关法律法规，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行非农业建设活动，包括建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物以及进行其他破坏基本农田的活动。
   • 原则上，养殖场不得修建在基本农田上。若养殖设施涉及少量永久基本农田且确实难以避让，需经过严格审批并补划。

2. 补办手续的合法性：

   • 您提到两年后补办了手续，但关键在于这些手续是否合法、有效，以及是否得到了相关部门的批准。
   • 若补办的手续未经合法审批或未得到相关部门的认可，那么该养殖场仍属于违法建筑，存在被拆除的风险。

3. 相关部门的认定：

   • 即使补办了手续，相关部门仍会对养殖场的合法性进行认定。若认定该养殖场为违法建筑，相关部门可能会作出限期拆除的决定。
   • 若养殖场被认定为合法或经过整改后符合相关规定，则不会被拆除，但可能需支付一定的罚款或进行其他补救措施。

4. 法律后果：

   • 若养殖场被认定为违法建筑并被拆除，您可能面临经济损失，并且无法获得任何补偿。
   • 若您能够证明补办手续的合法性和相关部门的批准，那么您可以争取保留养殖场或获得一定的补偿。

综上所述，占用基本农田建设养殖场两年后补办了手续，并不意味着该养殖场就完全合法、安全。您需要确保补办手续的合法性和相关部门的认定，以避免潜在的法律风险和经济损失。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。