在基本农田上未经批准建厂房原则上应拆除，但存在特殊情况可能不拆除，具体处理需根据法律法规、实际情况及行政决策综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律规定与原则

1. 严格保护基本农田：根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田受到严格保护，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行建房、建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。这是为了保障国家粮食安全，确保基本农田数量不减少、质量不降低。

2. 违法必究：未经批准在基本农田上建厂房属于违法行为。依据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国行政强制法》，违法的建筑物将面临行政处罚，包括罚款和强制拆除等措施。情节严重者，如非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，还可能被追究刑事责任，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

二、实际执行中的特殊情况

尽管原则上应拆除，但在实际操作中，存在一些特殊情况可能导致不拆除或延期拆除：

1. 合法审批：如果建厂房行为经过了合法的农用地转用审批手续，并办理了相关建房规划许可等合法手续，那么在基本农田上建厂房是被允许的。但此类审批极为严格，必须符合土地利用总体规划和相关建设要求，且基本农田转为建设用地的审批权限在国务院，地方无权擅自批准。

2. 历史遗留问题：对于在相关法律法规明确禁止前已在基本农田上建厂房，且一直延续至今的情况，部分地区可能会根据实际情况进行调查核实，并在符合一定条件下，如厂房对当地经济发展有重要贡献、拆除后会造成重大经济损失等，通过完善相关手续等方式来妥善处理，不一定直接拆除。

3. 拆除不合理性：如果拆除厂房会给当事人带来重大经济损失，且该厂房不存在严重影响基本农田保护和规划实施等情形，同时当事人积极采取补救措施（如土地置换、复垦等）以确保基本农田面积和质量不受影响，在这种特殊情况下，可能经过法定程序评估和决策后，不采取拆除措施。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：违法建厂房者将面临行政处罚，包括但不限于罚款和强制拆除。逾期不拆除的，行政机关将依法采取强制拆除措施，并可能要求恢复土地原状。情节严重者还可能被追究刑事责任。

2. 建厂房建议：

   • 严格遵守土地管理和规划等相关法律法规，避免擅自占用基本农田或其他耕地进行建厂房活动。
   • 如果需要建厂房，应遵循正规程序，向所在村庄或相关部门申请获得批准的建设用地进行施工，并确保符合土地利用总体规划和相关建设要求。

总结来说，基本农田上未经批准建厂房原则上应拆除，但具体处理需根据法律法规、实际情况及行政决策综合判断。如果您面临此类问题，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便更好地了解您的权利和义务，并制定合适的应对策略。