占用基本农田是否必须拆除，这主要取决于具体情况，但原则上，未经批准占用基本农田进行非农业建设是违法的，且通常需要拆除。以下是对此问题的详细分析：
一、基本农田的定义与保护
基本农田是指我国按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。它是国家为保护粮食安全和满足人民基本生活需要而划定的特殊保护区域，具有极高的保护价值。因此，对于基本农田的使用和管理，国家制定了严格的法律法规，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行非农业建设活动，包括建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物等，也禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
二、占用基本农田违建的法律后果
行政处罚：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，对于占用耕地（包括基本农田）进行违建的行为，相关部门有权责令限期改正或治理，并可以并处罚款。如果逾期不拆除或不恢复原状，相关部门可以依法强制拆除，并处以相应的行政处罚。
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地等农用地大量毁坏的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。这意味着，如果占用基本农田进行违建且情节严重，相关责任人可能面临刑事追责。
三、特殊情况考量
尽管占用基本农田违建原则上必须拆除，但在某些特殊情况下，可能存在一定的灵活性：
合法审批手续：如果在建设前依法办理了农用地转用审批手续并获得了相关建设规划许可，则该建设行为合法，不属于违建，无需拆除。然而，这种情况非常少见，因为基本农田的转用审批程序非常严格，且通常不允许用于非农业建设。
设施农业用地政策：对于设施农业用地，如畜禽舍等生产设施用地，如果符合设施农业用地的相关规定和要求，并按照规定程序进行了备案等手续，即使占用的是一般耕地（部分地区对符合条件的基本农田也有灵活政策），可能不需要拆除。但需注意，各地对于设施农业用地中基本农田的使用政策可能存在差异，且通常也有严格的面积等限制条件。
历史遗留问题：对于一些存在时间较长的违建，由于当时法律规定或管理政策不明确而在基本农田上建设的情况，政府相关部门可能会综合考虑实际情况，采取整改、补办手续等措施，而不一定直接拆除。但这并不意味着违建可以不拆，而是在补办过程中会根据具体情况进行评估和处理。如果最终无法补办手续或不符合规划要求，仍然会被要求拆除。
四、建议与总结
建议：对于已经发生的占用基本农田的违建行为，建议尽快与相关部门沟通并寻求解决方案，以避免不必要的法律风险和损失。同时，应加强对土地管理法律法规的宣传和教育，提高公众对基本农田保护和合理利用土地的认识。
总结：占用基本农田进行违建是违法的，且一般情况下必须拆除。这是为了维护土地的合理利用、保护粮食安全和确保国家土地资源管理的有序进行。然而，在特殊情况下，如存在合法审批手续、符合设施农业用地政策或属于历史遗留问题等，可能存在一定的灵活性。但无论如何，都应严格遵守相关法律法规，确保土地资源的合理利用和保护。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。