在基本农田上建房子，原则上应当拆除，但也存在特殊情况可能不拆除。具体处理需根据法律法规、实际情况及行政决策综合判断。

1. 法律规定与原则：

   • 根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田受到严格保护，禁止在基本农田保护区内进行建房等破坏活动。这是为了保障国家粮食安全，确保基本农田数量不减少、质量不降低。
   • 未经批准在基本农田上建房属于违法行为，将面临行政处罚，包括罚款和强制拆除等措施。情节严重者甚至可能被追究刑事责任。

2. 实际执行中的特殊情况：

   • 合法审批：如果建房行为经过了合法的农用地转用审批手续，并办理了相关建房规划许可等合法手续，那么在基本农田上建房是被允许的。但此类审批极为严格，必须符合土地利用总体规划和相关建设要求。
   • 历史遗留问题：对于在相关法律法规明确禁止前已在基本农田上建房，且一直延续至今的情况，部分地区可能会根据实际情况进行调查核实，并在符合一定条件下，通过完善相关手续等方式来妥善处理，不一定直接拆除。
   • 拆除不合理性：如果拆除房屋会给当事人带来重大经济损失，且该房屋不存在严重影响基本农田保护和规划实施等情形，同时当事人积极采取补救措施（如土地置换）以确保基本农田面积和质量不受影响，在这种特殊情况下，可能经过法定程序评估和决策后，不采取拆除措施。

3. 法律后果与建议：

   • 违法建房者将面临包括罚款、强制拆除在内的行政处罚。逾期不拆除的，行政机关将依法采取强制拆除措施。
   • 建议严格遵守土地管理和规划等相关法律法规，避免擅自占用基本农田或其他耕地进行建房活动。如果需要建房，应遵循正规程序，向所在村庄或相关部门申请获得批准的宅基地进行施工。

综上所述，虽然基本农田上未经批准建房原则上应拆除，但实际操作中需考虑多种因素。因此，在处理此类问题时，应综合考虑法律规定、实际情况及行政决策。同时，也提醒广大民众务必遵守相关法律法规，避免违法建房行为的发生。如果您面临此类问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。