在永久基本农田上已做好的地基，如未经合法批准，原则上应拆除。以下是具体的法律分析：

一. 法律规定与原则

1. 严格保护：根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田受到国家的严格保护，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行非农业建设活动，包括建房、挖砂、采石、采矿、取土等，以确保基本农田的数量不减少、质量不降低。地基建设属于非农业建设活动，未经批准在基本农田上进行是违法的。

2. 违法必究：依据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国行政强制法》，未经批准在基本农田上建设地基属于违法行为，将面临行政处罚，包括但不限于罚款和强制拆除等措施。情节严重者甚至可能被追究刑事责任。

二. 实际执行中的考量

尽管原则上应拆除，但在实际操作中，行政机关也会考虑一些特殊情况，如地基建设是否对基本农田造成了实质性的破坏、是否可以通过补救措施恢复农田等。然而，这些情况并不能作为违法行为的正当化理由，只是可能在一定程度上影响拆除决策的具体执行。

三. 法律后果与建议

1. 法律后果：违法在基本农田上建设地基的，将面临行政处罚，包括罚款和强制拆除等。如果逾期不拆除，行政机关将依法采取强制拆除措施，并可能追究相关责任人的刑事责任。

2. 我的建议：

   • 立即停止建设：如果地基建设尚未完成，应立即停止建设，避免进一步的违法行为。
   • 咨询相关部门：尽快咨询当地土地管理部门或农业农村部门，了解具体的法律要求和补救措施。
   • 寻求合法途径：如果需要建房或进行其他建设活动，应遵循正规程序，向相关部门申请获得批准的建设用地，并确保建设活动符合土地利用总体规划和相关建设要求。

综上所述，已在永久基本农田上做好的地基，如未经合法批准，原则上应拆除。我建议您立即停止建设，并咨询相关部门了解具体的法律要求和补救措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。