结论前置：上夜班的职工在请带薪年休假时，若单位扣除了夜班费，这一行为通常是违反规定的。

详细分析：

1. 带薪年休假的性质：

   • 带薪年休假是职工依法享有的休息权利，期间职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这是《劳动法》和《职工带薪年休假条例》等法律法规明确规定的。

2. 夜班费的性质：

   • 夜班费是单位对职工在夜间工作所付出的额外劳动的补偿，属于职工工资的一部分。它不同于一般的加班费，但同样是职工因工作特殊性而应得的报酬。

3. 扣除夜班费的违法性：

   • 当职工请带薪年休假时，他们实际上是在享受法律赋予的休息权利，期间不应被剥夺任何工资收入，包括夜班费。单位若扣除夜班费，就相当于在职工休息期间降低了其工资水平，这违反了带薪年休假的初衷和法律法规的规定。

4. 可能的法律后果：

   • 如果单位扣除了上夜班职工的带薪年休假期间的夜班费，职工有权向单位提出异议，并要求单位补发被扣除的费用。若单位拒绝补发，职工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

5. 特殊情况说明：

   • 当然，也存在一些特殊情况，比如单位与职工在劳动合同或集体合同中有特别约定，或者单位规章制度中有明确规定（但这些规定必须合法且经职工同意），在特定情况下可以调整工资结构。然而，在大多数情况下，这种特别约定或规定是不被允许的，因为它违反了法律法规的强制性规定。

建议：

• 对于上夜班的职工来说，在请带薪年休假前，最好先了解清楚单位的规章制度和劳动合同中的相关条款，确保自己的权益不受侵害。
• 如果单位在带薪年休假期间扣除了夜班费，职工应首先与单位进行沟通协商，要求单位补发被扣除的费用。
• 若沟通无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

总结：上夜班的职工在请带薪年休假时，单位扣除夜班费的行为通常是违反规定的。职工应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。