结论：员工预支完工资后跑到别的工厂，一般情况下这属于民事纠纷范畴，报警可能无法直接解决问题，但你可以根据具体情况采取一些合法措施来维护自身权益。

分析说明：

1. 民事纠纷性质：

   • 员工预支工资后离职，这主要涉及到的是劳动合同的履行和工资支付问题，属于民事纠纷。在民事纠纷中，双方通常需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等民事手段来解决争议。

2. 报警的局限性：

   • 报警通常用于处理刑事犯罪或治安案件。员工预支工资后离职，并不构成刑事犯罪或治安案件，因此报警可能无法直接解决问题。警方可能会建议你们通过民事途径来解决纠纷。

3. 合法维权措施：

   • 协商：首先，你可以尝试与员工进行协商，了解其离职原因，并尝试达成和解协议，如约定还款期限等。
   • 劳动仲裁：如果协商无果，你可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求员工返还预支的工资或赔偿因此造成的损失。劳动仲裁是解决劳动纠纷的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
   • 诉讼：如果劳动仲裁结果不满意或员工不履行仲裁裁决，你还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来维护自身权益。

4. 预防措施：

   • 为了避免类似情况的发生，你可以在劳动合同中明确约定预支工资的条件、金额、还款期限等事项，并要求员工提供担保或签订还款协议。这样，在员工离职时，你可以依据合同约定来要求其返还预支的工资。

行动建议：

• 收集证据：在采取任何措施之前，确保你收集了足够的证据来证明员工预支了工资且未返还，如工资单、预支工资的协议、员工离职的证明等。
• 咨询专业意见：如果你对如何处理这种情况感到困惑或不确定，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
• 采取合法措施：根据收集到的证据和咨询得到的建议，采取合适的合法措施来维护自身权益，如协商、劳动仲裁或诉讼等。

后续思考：

• 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或非法手段来解决问题，以免给自己带来不必要的法律风险。
• 同时，你也应该反思公司的管理制度是否存在漏洞或不足，以便在未来避免类似情况的发生。例如，加强员工入职前的背景调查、完善劳动合同条款、建立有效的员工离职管理制度等。