关于“厂里员工先吃后扣，不吃会扣吗”的问题，结论前置：是否会扣取决于公司的具体规章制度以及该制度是否合法合理。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司有明确的规章制度规定，员工必须就餐且费用从工资中扣除，同时明确指出如果员工选择不就餐，也会按照一定标准扣除费用（尽管这种规定在实际操作中较为少见且可能引发争议），那么从公司内部管理的角度来看，公司可能会依据此制度进行扣费。但这种扣费行为必须建立在制度合法、合理且已向员工充分告知的基础上。
   • 另一方面，如果公司的规章制度中并未规定员工不就餐会扣费，或者规定不明确，那么公司无权仅凭“先吃后扣”的惯例就对不就餐的员工进行扣费。

2. 法律合规性的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司扣除员工工资必须基于合法、合理且事先告知的理由。如果公司以员工不就餐为由进行扣费，且这种扣费没有法律依据或事先未与员工达成一致，那么这种扣费行为可能是违法的。
   • 特别是，如果扣费导致员工的工资低于当地最低工资标准，或者扣费比例过高、不合理，那么公司可能面临法律责任，包括被要求补发工资、支付赔偿金等。

3. 实际操作与建议：

   • 对于员工而言：如果公司试图以不就餐为由进行扣费，员工应首先查阅公司的规章制度，了解是否有相关规定。如果规定不明确或存在争议，员工可以与公司的人力资源部门或管理层进行沟通，要求公司明确解释扣费依据。如果沟通无果，员工可以考虑向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于公司而言：为了避免类似的争议和法律风险，公司应制定明确、合法、合理的规章制度，并确保这些制度已向员工充分告知。在制定就餐费用扣除等涉及员工切身利益的制度时，公司应充分考虑员工的意见和需求，确保制度的公平性和合理性。

总结来说，是否会因不就餐而被扣费取决于公司的具体规章制度以及该制度是否合法合理。如果公司制度不明确或存在争议，员工有权要求公司解释并寻求法律援助。同时，公司也应制定合法合理的规章制度，以避免类似的争议和法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。