核心结论：厂里是否会因吃了夜班餐补而扣钱，需结合劳动合同、公司规章制度及法律规定综合判断，以下分情况说明：

1. 若劳动合同或规章制度明确约定“夜班餐补属于额外福利，不与工资挂钩”
   根据《劳动合同法》第三条，用人单位与劳动者应遵循合法、公平、平等自愿原则订立合同。若合同或制度中明确夜班餐补是独立于工资的福利（如“夜班津贴”），且未约定“未上夜班需返还”，则公司无权扣钱。此时若被扣款，可要求公司出示书面依据，或向劳动监察部门投诉。

2. 若劳动合同或规章制度约定“餐补与出勤挂钩，未上夜班需扣除”
   需进一步判断该条款是否合法：

   • 合法情形：若餐补本质是“出勤补贴”（如“满勤奖”的一部分），且公司已通过民主程序（如职工代表大会）制定制度并公示，扣除可能被认定为合理。但需注意，扣除金额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准（《工资支付暂行规定》第十六条）。
     
   • 违法情形：若公司未履行民主程序、未公示制度，或扣除后工资低于最低标准，则条款无效。此时可主张公司补发工资，并可要求支付经济补偿金（如因扣款导致被迫离职）。

3. 若公司无明确约定，擅自扣款
   根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。若公司无法证明扣款合法性（如未提供制度依据、未与劳动者协商一致），则属于违法行为。劳动者可：

   • 与公司协商：要求出具扣款明细及依据；
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队反映（通常15个工作日内处理）；
     
   • 申请仲裁：若扣款金额较大或协商无果，可申请劳动仲裁，主张补发工资及50%-100%赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

行动建议：

1. 立即查阅劳动合同、员工手册中关于“餐补”“夜班津贴”“工资扣除”的条款；
   
2. 若公司未提供书面依据，可书面要求公司说明扣款理由（保留送达证据，如邮件、微信记录）；
   
3. 根据上述分析判断公司行为合法性，若涉嫌违法，优先通过劳动监察投诉（效率较高），必要时再启动仲裁程序。
   

如有具体合同条款或扣款金额，可进一步提供细节，我会帮你分析具体风险点。