结论前置：
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了夜班有餐补且未吃饭需扣吃饭费，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司扣费可能是合理的。
- 若公司规章制度或劳动合同中未规定此类扣费，或规定违反法律法规，则公司扣费不合理，员工有权拒绝并寻求法律救济。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，公司对于员工的餐补和扣费政策，通常会在公司的规章制度或劳动合同中有所体现。这是判断公司扣费是否合理的首要依据。
一、公司规章制度或劳动合同中有明确规定
规定合理且合法：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了夜班员工有餐补，并且同时规定了如果员工未选择吃饭则需要扣除相应的吃饭费用，且这一规定并不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准、不侵犯员工合法权益等），那么公司按照此规定扣费是合理的。
- 在这种情况下，员工在签署劳动合同时或接受公司规章制度时，实际上已经同意了这一条款，因此应当遵守。
规定不合理或违法：
- 如果公司的规定虽然明确，但违反了法律法规的强制性规定（如扣费后员工工资低于最低工资标准），或者规定本身显失公平（如扣费金额过高，远超过实际餐费），那么这一规定可能是无效的。
- 在这种情况下，员工有权拒绝公司的扣费要求，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
二、公司规章制度或劳动合同中无明确规定
- 如果公司的规章制度或劳动合同中并未明确规定夜班员工未吃饭需要扣除吃饭费用，那么公司擅自扣费就是缺乏依据的。
- 在这种情况下，员工有权拒绝公司的扣费要求，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律救济。
三、法律建议：
员工应仔细阅读劳动合同和公司规章制度：
- 在签署劳动合同时，员工应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、扣费等方面的规定。
- 同时，员工也应了解并遵守公司的规章制度，以免因不了解规定而遭受不必要的损失。
员工有权拒绝不合理的扣费要求：
- 如果员工认为公司的扣费要求不合理或违法，有权拒绝并寻求法律救济。
- 员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。
公司应制定合理合法的规章制度：
- 公司在制定规章制度时，应确保规定内容合理合法，不违反法律法规的强制性规定。
- 同时，公司也应尊重员工的合法权益，避免制定显失公平的规定。
最后，如果您在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。