工厂扣了员工的工资，员工应当积极采取措施来维护自身的合法权益，以下是一套全面且系统的应对策略：
一、明确扣工资原因并判断合法性
了解扣工资的具体原因：
- 首先，向工厂询问扣工资的具体原因，并要求其提供所依据的规章制度或法律规定。常见的合法扣工资情形包括代扣个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费或赡养费等，以及因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的赔偿性扣款（但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
判断扣工资的违法性：
- 若工厂无合理理由或所依据的规章制度不合法（如未经民主程序制定、未公示等），则扣工资行为违法。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
二、与工厂协商解决
友好沟通：
- 保持冷静和理性，与工厂相关负责人进行友好协商，表达疑问和不满，要求工厂提供扣工资的合理解释。
- 可寻求同事协助，共同与工厂谈判，增加协商的力量。
提出诉求：
- 明确提出返还扣除工资、纠正错误扣工资行为等诉求。
- 争取与工厂达成书面协议，以避免后续纠纷，书面协议具有更强的法律效力。
三、向劳动监察部门投诉
准备材料：
- 收集劳动合同、工资条、考勤记录、与工厂的沟通记录等证据材料。这些材料能证明劳动关系及工资被扣除的事实，是投诉的重要依据。
投诉流程：
- 通过拨打投诉举报电话、到劳动监察部门现场投诉或在线投诉等方式进行。
- 详细说明扣工资情况，包括时间、金额、原因等，并提供证据材料。
- 劳动监察部门将调查核实，如发现违法行为，将责令工厂限期改正，并可能给予相应的行政处罚。
四、申请劳动仲裁
仲裁时效：
- 注意劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，员工应及时行动，避免错过仲裁时效。
提交仲裁申请：
- 准备仲裁申请书、申请人身份证明、被申请人工商登记信息、相关证据材料等。
- 向当地劳动争议仲裁委员会提交申请，等待开庭审理及仲裁裁决。仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，裁决具有法律效力。
仲裁结果执行：
- 如仲裁裁决工厂应返还扣除的工资，而工厂不履行，员工可向人民法院申请强制执行，确保自己的权益得到实现。
五、向法院提起诉讼
起诉条件：
- 对劳动仲裁裁决不服，员工可自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 如劳动争议仲裁委员会逾期未作出仲裁裁决，员工也可向人民法院提起诉讼。
诉讼流程：
- 向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料。
- 人民法院受理案件后，将按法定程序审理，并作出判决。判决具有强制执行力，工厂必须履行。
- 判决生效后，如工厂仍不履行支付工资义务，员工可向法院申请强制执行。
六、总结与建议
面对工厂扣工资的情况，员工应勇敢站出来维护自己的权益。在整个过程中，保留好相关证据至关重要，以便在需要时使用。同时，保持冷静和理性，通过合法途径有效解决问题。如果员工在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。