员工离职时公司扣完成率奖是否合法，主要取决于劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。奖金作为劳动报酬的一部分，同样受到劳动法的保护。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

2. 合法性分析：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了奖金与绩效考核挂钩，且员工未达到考核标准，用人单位可以根据规定扣除相应奖金。但扣除行为必须遵循公平、公正的原则，且应有明确的考核标准和程序。
   • 如果员工存在严重违纪行为，如违反公司规章制度、损害公司利益等，用人单位可以根据规定扣除奖金作为惩罚。但扣除行为必须有充分的证据支持，且应符合法律法规和公司规章制度的规定。
   • 如果用人单位无正当理由扣除员工奖金，则属于违法行为。员工有权要求用人单位说明扣除原因，并可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。

3. 特殊情况处理：

   • 对于年终奖等特殊奖金，其发放通常与公司的经营状况、员工的年度表现等因素相关。如果员工在年底前离职，可能无法获得全额年终奖，具体取决于劳动合同或公司规章制度的规定。
   • 如果员工未按照公司规定办理离职手续，可能会影响奖金的发放。但用人单位不能以此为由无故扣除员工已应得的奖金。

综上所述，员工离职时公司扣完成率奖是否合法，需根据具体情况而定。如果扣除行为有明确的法律依据和事实依据，且遵循了公平、公正的原则，则可能是合法的。否则，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。