结论：在厂里发生工伤后领了三个月的停工留薪工资，老板要求签一份误工费协议时，不建议直接签署，需根据具体情况谨慎处理。以下从多个角度进行分析：
一、停工留薪期与误工费的关系
停工留薪期定义：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
误工费概念：
- 误工费通常指因他人侵权行为导致受害人无法正常工作而减少的收入。在工伤情境下，停工留薪期内的工资支付已由法律明确规定，不属于误工费范畴。
二、签署误工费协议的可能风险
重复支付风险：
- 如果签署的误工费协议实质上是对停工留薪期工资的重复支付，那么这可能构成对劳动者权益的侵害，因为劳动者已经依法享受了停工留薪期的工资待遇。
影响工伤赔偿：
- 签署误工费协议可能被视为对工伤赔偿的某种形式的放弃或调整，从而影响劳动者后续获得工伤赔偿的权利。特别是在协议内容不明确或存在歧义的情况下，可能引发纠纷。
协议内容不明确风险：
- 如果误工费协议的内容不明确，如未明确支付金额、支付期限、支付条件等，可能导致劳动者在签署后无法获得应有的权益保障。
三、建议处理方式
审查协议内容：
- 在签署任何协议之前，务必仔细审查协议内容，确保协议条款明确、合法、合理。特别是要关注协议是否涉及对停工留薪期工资的重复支付、是否影响工伤赔偿权利等关键问题。
咨询专业律师：
- 由于工伤赔偿问题涉及复杂的法律关系和权益保障，建议在签署协议前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助劳动者维护自身权益。
拒绝不合理要求：
- 如果老板提出的误工费协议存在不合理之处，如要求劳动者放弃部分工伤赔偿权利、支付金额过低等，劳动者有权拒绝签署，并可以通过法律途径维护自身权益。
四、法律依据
- 《工伤保险条例》第三十三条：职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
综上所述，在厂里发生工伤后领了三个月的停工留薪工资，老板要求签一份误工费协议时，劳动者应谨慎处理，不建议直接签署。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。