结论：员工占用了公司陪标所得款，公司可以通过协议方式尝试要回，但具体能否成功要回以及要回的方式和程序，需根据款项性质、员工行为性质及公司内部规定等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、款项性质与员工行为性质
款项性质：
- 若陪标所得款属于公司正常业务收入或合法所得，员工占用该款项即构成对公司财产的侵占。
- 若陪标行为本身存在违法性（如串通投标等），则所得款项可能被视为非法所得，但员工占用非法所得同样可能面临法律责任，只是公司追回款项的合法性基础可能受到一定影响。
员工行为性质：
- 员工占用公司款项，可能构成职务侵占、挪用资金等违法行为，具体取决于款项的性质、占用时间、用途等因素。
- 若员工行为构成犯罪，公司除可通过民事途径追回款项外，还可向公安机关报案，追究员工的刑事责任。
二、协议要回的可能性与程序
协议要回的可能性：
- 在员工占用款项未构成犯罪或公司不愿追究刑事责任的情况下，公司可尝试与员工协商，通过签订还款协议等方式要回款项。
- 协议要回的成功率取决于员工的配合程度、公司掌握的证据以及双方协商的结果。
协议要回的程序：
- 协商准备：公司应收集相关证据，如陪标合同、款项往来记录、员工占用款项的证据等，以证明员工占用款项的事实。
- 协商过程：公司可与员工进行面对面或书面协商，明确要求员工归还占用款项，并可提出合理的还款计划或条件。
- 签订协议：若双方达成一致，应签订书面还款协议，明确还款金额、时间、方式等条款，并可约定违约责任以保障公司权益。
三、其他法律途径
民事诉讼：
- 若协议要回无果，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工归还占用款项及可能产生的利息、损失等。
- 民事诉讼需遵循法定程序，包括起诉、受理、审理、判决等阶段，公司需准备充分的证据以支持其诉讼请求。
劳动仲裁（如适用）：
- 若员工占用款项的行为与劳动关系相关（如利用职务便利侵占公司财产），公司可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求员工承担相应责任。
- 劳动仲裁程序相对简便快捷，但需注意仲裁时效和仲裁范围等限制。
四、建议与注意事项
加强内部管理：
- 公司应建立健全内部财务管理制度，明确款项收支流程、审批权限等，防止员工利用职务便利侵占公司财产。
- 定期对财务状况进行审计和检查，及时发现并纠正潜在问题。
及时采取措施：
- 一旦发现员工占用公司款项，公司应立即采取措施进行调查和取证，并根据情况选择合适的法律途径进行追回。
- 避免拖延时间导致证据灭失或员工转移财产等不利后果。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，公司可咨询专业律师的意见和建议，以确保法律程序的正确性和有效性。
- 律师可协助公司制定合理的追回策略、准备相关证据材料并代表公司参与协商或诉讼等活动。
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