合同工代替编制是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果合同工代替编制是基于合法合规的用工安排：
- 在一些情况下，企业或单位可能因为业务需求、人员流动等原因，采用合同工的形式来补充或替代部分编制内岗位。这种安排如果符合相关法律法规的规定，比如劳动合同的签订、履行、变更等均遵循《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，且没有侵犯劳动者的合法权益，那么这种代替是合法的。
- 例如，某单位因编制限制，无法新增编制内人员，但业务又需要增加人手，此时通过招聘合同工来满足业务需求，并依法与合同工签订劳动合同，明确双方的权利和义务，这种情况下合同工代替编制就是合法的。
如果合同工代替编制存在违法违规情形：
- 如果企业或单位以合同工代替编制为名，行规避法律义务之实，比如不依法签订劳动合同、不缴纳社会保险、拖欠工资等，那么这种代替就是违法的。
- 另外，如果合同工代替编制涉及到对特定群体（如残疾人、退役军人等）的就业歧视，或者违反了国家关于用工比例、用工形式等方面的强制性规定，那么这种代替同样是不合法的。
- 举个例子，某单位为了降低用工成本，故意不将合同工纳入编制管理，以此规避为劳动者缴纳社会保险等法律义务，这种行为就是违法的，劳动者有权向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果发现自己被以合同工的形式代替编制，且存在违法违规情形，应当及时收集证据，如劳动合同、工资条、工作证等，并向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于企业或单位而言，应当严格遵守相关法律法规的规定，合法合规地进行用工安排。如果确实需要采用合同工的形式来补充或替代部分编制内岗位，应当依法与合同工签订劳动合同，明确双方的权利和义务，并按时足额支付工资、缴纳社会保险等。
可能法律后果：
- 如果企业或单位违法以合同工代替编制，可能会面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 同时，劳动者也有权要求企业或单位承担违法用工的法律责任，如支付经济补偿金、赔偿金等。
总之，合同工代替编制是否合法，取决于具体的用工安排是否符合相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。