农民工是否可以申请仲裁总包单位，这个问题主要取决于农民工与总包单位之间是否存在直接的劳动关系，以及总包单位是否涉及了相关的劳动纠纷。以下是对这一问题的详细解答：
一、农民工与总包单位之间的劳动关系
直接劳动关系：
- 如果农民工是直接由总包单位招聘并管理，与总包单位签订了劳动合同，形成了直接的劳动关系，那么农民工在面临劳动纠纷（如工资拖欠、工伤赔偿等）时，完全有权向总包单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
间接劳动关系或不存在劳动关系：
- 如果农民工是通过包工头或其他中介形式被雇佣，且包工头或中介具备合法用工主体资格，那么农民工与总包单位之间可能不存在直接的劳动关系。此时，农民工应首先向包工头或中介主张权益，若无法解决，再考虑通过法律途径（包括仲裁）解决纠纷。
- 若包工头或中介不具备合法用工主体资格，根据相关规定，农民工可能与发包方（即总包单位）构成劳动关系。在这种情况下，农民工同样有权向总包单位申请仲裁。
二、申请仲裁的流程和注意事项
确定仲裁对象：
- 农民工在申请仲裁前，应明确自己的仲裁对象。如果是直接劳动关系，则仲裁对象为总包单位；如果是间接劳动关系且包工头或中介不具备合法资格，则仲裁对象可能包括总包单位。
准备证据材料：
- 农民工在申请仲裁时，应准备充分的证据材料，如劳动合同、工资发放记录、工作证、出勤记录等，以证明自己与总包单位之间的劳动关系以及纠纷的具体情况。
提交仲裁申请：
- 农民工应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照要求填写仲裁申请书，附上相关证据材料。
参与仲裁程序：
- 农民工在提交仲裁申请后，应积极参与仲裁程序，包括出庭陈述、举证质证等，以维护自己的合法权益。
综上所述，农民工在面临与总包单位的劳动纠纷时，应根据自己的实际情况确定是否可以申请仲裁，并准备好相关的证据材料，按照规定的流程提交仲裁申请。同时，农民工也可以咨询专业的法律人士或机构，以获取更具体的法律建议和帮助。