结论：施工单位作为劳务承包合同的主体，在涉及农民工工资争议时，可以申请劳动仲裁，但需根据具体情况判断是否符合仲裁受理条件。以下从不同角度详细分析：

1. 劳务承包合同与劳动关系的认定

• 核心前提：若农民工与施工单位（或劳务公司）存在直接劳动关系（如签订劳动合同、接受直接管理、工资由施工单位发放），则工资争议属于劳动仲裁范围。
• 例外情形：若农民工与包工头个人形成雇佣关系（无书面合同、工资由包工头发放），则可能不构成劳动关系，需通过民事诉讼追讨工资。
• 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，因“确认劳动关系”“劳动报酬”发生的争议属于仲裁范围。

2. 劳务派遣与劳务承包的区别

• 劳务派遣：农民工与劳务派遣公司签订劳动合同，被派遣至施工单位工作。此时，工资争议应由劳务派遣公司承担主体责任，施工单位若未足额支付劳务费，可能需承担连带责任（依据《劳动合同法》第九十二条）。
• 劳务承包：施工单位将工程分包给劳务公司，农民工由劳务公司招聘管理。此时，工资争议主体为劳务公司，但若施工单位未结清工程款导致农民工无法获酬，可能需在欠付范围内承担责任（依据《保障农民工工资支付条例》第三十条）。

3. 申请劳动仲裁的条件

• 主体资格：农民工需证明与施工单位或劳务公司存在劳动关系（如工资条、考勤记录、工作证等）。
• 仲裁时效：自知道或应当知道权利被侵害之日起1年内提出（依据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条）。
• 管辖范围：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动仲裁委员会申请。

4. 实务建议

• 步骤一：固定证据
  收集劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤表、工友证言等，证明劳动关系及欠薪事实。
• 步骤二：区分责任主体
  
  • 若与施工单位直接签约 → 仲裁施工单位；
    
  • 若与劳务公司签约 → 仲裁劳务公司，同时可申请追加施工单位为第三人（若其未结清工程款）。
• 步骤三：申请仲裁
  提交书面仲裁申请书（载明双方信息、请求事项、事实理由），并附证据材料。

5. 特殊情形处理

• 包工头跑路：若施工单位将工程分包给无资质的包工头，农民工可要求施工单位承担用工主体责任（依据《关于确立劳动关系有关事项的通知》第四条）。
• 工程款纠纷：若施工单位以“未结清工程款”为由抗辩，农民工可同时申请仲裁施工单位和劳务公司，要求在欠付范围内支付工资。

总结：施工单位作为劳务承包合同一方，若农民工与其存在劳动关系或施工单位未履行工程款支付义务导致欠薪，均可通过劳动仲裁维权。建议根据具体证据和合同关系，选择正确的责任主体并准备充分材料。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。