结论：包工头能否替农民工仲裁，需分情况讨论，具体如下：
包工头具备劳动者身份且争议属于劳动仲裁范畴
- 如果包工头同时是提供劳动的劳动者，并与用人单位建立了劳动关系，那么他有权就自身与用人单位之间的劳动争议申请仲裁。这些争议包括但不限于确认劳动关系、劳动合同纠纷（如订立、履行、变更、解除和终止）、工作时间和休息休假争议、社会保险和福利争议等。但在此情况下，包工头是作为劳动者身份申请仲裁，而非代表农民工。
包工头以农民工代表身份申请仲裁
- 如果包工头带领农民工进行施工，且用人单位拖欠农民工工资，包工头可以取得农民工的授权委托，作为代表人申请仲裁。这种情况下，包工头是代表农民工的利益进行仲裁申请，需要确保有农民工的明确授权，并且争议属于劳动仲裁的受案范围。
包工头与对方之间是非劳动关系
- 如果包工头与对方之间是平等主体间的承揽关系、合作关系等非劳动关系，那么双方之间的纠纷不属于劳动仲裁的受案范围。此时，包工头不能通过劳动仲裁来解决争议，而应通过民事诉讼等途径来维护自己的权益。
申请仲裁时的注意事项：
- 证据材料的准备：无论包工头是作为劳动者还是农民工代表申请仲裁，都应保留并整理好所有与劳动争议相关的证据材料，如工资单、合同、工作记录、通讯记录等。这些证据应真实、合法、有效，能够支持自己的主张。
- 法律程序的遵循：包工头在申请仲裁时，应确保满足仲裁管辖与申请材料的要求，如申请人与本案有直接利害关系、争议属于劳动争议范畴且属于该仲裁委员会管辖、提交书面仲裁申请并按照被申请人人数提交副本等。同时，要注意在规定的时效期内提出申请，通常是自劳动争议发生之日起六十日内（注意时效中断的情况）。
法律后果：
- 如果包工头符合申请仲裁的条件并成功申请，仲裁委员会将依法进行审理并作出裁决。裁决具有法律效力，双方应履行裁决结果。
- 如果包工头不符合申请仲裁的条件或申请被驳回，他可能需要通过其他途径（如民事诉讼）来解决争议，这可能会增加解决争议的成本和时间。
建议：
- 在申请仲裁前，包工头应仔细评估自己与对方之间的关系以及争议的性质，确保自己符合申请仲裁的条件。
- 如果不确定如何申请仲裁或需要法律帮助，包工头可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。