农民工在申请劳动仲裁时，既可以仲裁公司，也可以仲裁包工头，具体取决于实际用工关系和责任主体。以下从不同角度为您详细分析：

1. 若包工头挂靠公司或公司违法分包

• 法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》及相关司法解释，若包工头挂靠有资质的建筑施工企业（即公司），或公司违反规定将工程分包给不具备用工主体资格的包工头，导致农民工工资拖欠，公司需承担清偿责任，包工头可能承担连带责任。
• 仲裁对象：此时农民工可同时将公司和包工头列为仲裁被申请人，要求两者共同支付工资及赔偿。
• 示例：包工头张某挂靠A建筑公司承接工程，拖欠农民工工资。农民工可申请仲裁，要求A公司和张某共同支付工资。

2. 若包工头独立用工且无挂靠关系

• 法律依据：若包工头以个人名义承包工程，未挂靠公司，且农民工直接受雇于包工头，则包工头为实际用工主体，需承担支付工资等责任。
• 仲裁对象：此时农民工应直接仲裁包工头，要求其支付工资及赔偿。
• 例外情形：若包工头无财产可供执行，农民工可尝试主张公司（如发包方）在未结清工程款范围内承担补充责任，但需提供充分证据。

3. 若公司直接用工但通过包工头管理

• 法律依据：若农民工虽由包工头管理，但工资由公司直接发放，或劳动合同与公司签订，则公司为用人单位，需承担全部责任。
• 仲裁对象：此时农民工应仲裁公司，包工头仅作为公司管理人员，不承担支付责任。
• 示例：农民工与B公司签订劳动合同，但由包工头李某现场管理。若B公司拖欠工资，农民工应直接仲裁B公司。

法律建议

1. 固定证据：无论仲裁公司还是包工头，均需提供劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等证据，证明劳动关系及拖欠金额。
2. 优先仲裁公司：若存在挂靠、违法分包等情形，建议同时仲裁公司和包工头，增加追偿成功率。
3. 及时申请财产保全：若担心包工头或公司转移财产，可在仲裁阶段申请财产保全，确保后续执行。

可能的法律后果

• 若仲裁公司成功：公司需支付工资及赔偿，若公司无财产，可申请强制执行其银行账户、车辆、房产等。
• 若仲裁包工头成功：包工头需以个人财产支付，若其无财产，可能面临执行难问题，此时需进一步追究公司责任（如存在挂靠或违法分包）。

总结：农民工在申请仲裁时，需根据实际用工关系选择仲裁对象。若存在挂靠、违法分包等情形，可同时仲裁公司和包工头；若包工头独立用工，则直接仲裁包工头。如有疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步指导。