若员工已入职5年，之后被查出有犯罪记录，用人单位的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若犯罪行为发生在入职前
   根据《劳动合同法》第三十九条，若员工在入职前曾因犯罪受过刑事处罚，且用人单位在招聘时未发现该情况（例如员工隐瞒或未主动披露），用人单位有权解除劳动合同且无需支付经济补偿。但需注意：

   • 用人单位需证明员工存在故意隐瞒或欺诈行为（如入职时填写无犯罪记录承诺）；
     
   • 若犯罪记录与岗位无关（如员工因交通肇事被判缓刑，但从事行政工作），用人单位直接解除可能被认定为违法，需结合具体岗位性质判断。

2. 若犯罪行为发生在入职后

   • 被依法追究刑事责任：根据《劳动合同法》第三十九条，员工被依法追究刑事责任的（如被判处刑罚、缓刑、拘役等），用人单位可立即解除劳动合同且无需支付经济补偿。
     
   • 未被追究刑事责任但存在违法行为：若员工仅被行政拘留或受到其他行政处罚，用人单位不能直接解除劳动合同，但可依据内部规章制度（如“严重违反公司纪律”）处理，需确保制度合法且已向员工公示。

3. 特殊情形：员工被取保候审或监视居住
   若员工未被实际羁押，仍可正常出勤，用人单位一般不能直接解除合同，但可调整岗位或安排待岗（需协商一致）。若员工无法履职或存在重大风险（如涉及金融犯罪），用人单位可依据《劳动合同法》第四十条第三款（客观情况重大变化）协商解除，但需支付经济补偿。

实务建议：

• 用人单位应尽快核实犯罪记录的真实性（可通过公安机关查询）；
  
• 解除合同需依法履行通知工会程序（如有）；
  
• 保留员工签字确认的入职材料、规章制度等证据；
  
• 避免因处理不当引发劳动仲裁（如违法解除需支付2N赔偿金）。
  

若您是员工方：

• 可主张用人单位违法解除的，需收集劳动合同、工资记录、解除通知等证据；
  
• 若犯罪记录与工作无关且未造成损失，可尝试协商恢复劳动关系或争取赔偿。
  

如有具体细节（如犯罪类型、岗位性质、公司制度等），可进一步向我说明，我会为您分析风险点。