当国企查出来员工有犯罪记录时，企业的处理方式需要严格遵循国家法律法规，同时兼顾员工的隐私权保护，确保整个处理过程的合法性和正当性。以下是对此问题的详细解答：

一、处理原则与前提

1. 法律法规依据：国企在处理员工犯罪记录问题时，首要依据是《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国劳动合同法》。这两部法律为处理员工犯罪问题提供了基本的法律框架，企业必须确保所有处理措施都符合这些法律法规的要求。

2. 尊重隐私权：在查询和使用员工犯罪记录信息时，企业必须严格遵守相关法律法规，确保信息的合法性和安全性。员工的犯罪记录属于个人隐私，企业不得随意泄露或滥用这些信息。

二、具体处理方式

1. 入职前已存在犯罪记录但未如实告知

   • 处理依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八条，劳动者在订立劳动合同时，应如实说明与劳动合同直接相关的基本情况。若员工隐瞒犯罪记录，则违反了诚实信用原则。

   • 可能处理方式：企业有权依据劳动合同法第三十九条，以“劳动者以欺诈手段使用人单位在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同”为由，解除劳动合同且无需支付经济补偿。但在处理前，企业应确保有充分的证据证明员工确实隐瞒了犯罪记录。

2. 入职后新产生犯罪记录

   • 轻微犯罪且情节不严重：

     • 处理依据：若犯罪情节轻微，不影响员工正常履行工作职责，且日常工作表现良好，企业可基于教育和挽救目的进行处理。
     • 可能处理方式：给予纪律处分，如警告、记过、降职等，并要求员工反思错误。同时，企业应在一定时期内对其工作表现进行重点观察和考核，确保其不再犯类似错误。

   • 严重犯罪或与工作相关犯罪：

     • 处理依据：若员工实施严重犯罪行为，如贪污、受贿、挪用公款等与职务相关的犯罪，或犯罪行为严重影响企业形象和声誉，企业应果断采取措施。
     • 可能处理方式：依据企业内部规章制度和国家法律法规，直接解除劳动合同，并配合司法机关调查，提供相关证据和信息。在处理过程中，企业应确保程序的合法合规性，避免侵犯员工的合法权益。

3. 刑事责任追究：

   • 若员工的犯罪行为导致国有公司、企业破产或严重损失，致使国家利益遭受重大损失，根据《中华人民共和国刑法》第一百六十八条，员工可能会被处三年以下有期徒刑或者拘役；若致使国家利益遭受特别重大损失，则可能会被处三年以上七年以下有期徒刑。在这种情况下，企业应积极配合司法机关的调查和处理工作。

三、综合考虑因素

在处理有犯罪记录的员工时，国企应综合考虑多种因素，包括但不限于：

• 犯罪的性质、严重程度以及与工作职责的关联度；
• 员工在企业的表现、工作年限、贡献及悔过态度；
• 企业内部规章制度对违法犯罪行为的处罚规定；
• 法律法规对企业处理员工犯罪问题的具体要求。

四、员工权益保障

员工若对企业的处理决定不服，有权通过合法途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。同时，企业在处理过程中应确保程序的合法合规性，避免侵犯员工的合法权益。例如，企业应确保在解除劳动合同前，已经充分听取了员工的陈述和申辩，并给予了员工合理的解释和说明机会。

五、后续管理与监督

对于已录用的员工，即使其曾经有过犯罪记录，企业也应持续加强日常管理和监督，确保员工行为的合法性与规范性。企业可以建立健全内部举报机制，鼓励员工对违法犯罪行为进行匿名举报，并及时对举报进行调查和处理。同时，企业还可以与司法机关保持密切联系，及时了解员工涉及的犯罪情况，并采取相应的措施。

综上所述，国企在处理员工犯罪记录问题时，应始终遵循合法、合规、公平、公正的原则，确保处理过程的合法性和正当性，并充分尊重员工的隐私权及合法权益。