若员工在入职3年后被查出存在犯罪记录，用人单位的处理方式及法律后果需分情况讨论，具体如下：

1. 若犯罪记录与劳动合同履行无直接关联，且用人单位此前未明确要求员工申报
   根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位仅在员工“被依法追究刑事责任”时享有单方解除权。若员工入职后因过往犯罪行为被追责（如缓刑考验期满后被撤销缓刑、假释期间再犯罪等），用人单位可依法解除劳动合同且无需支付经济补偿。但若犯罪记录系入职前行为且未被追责（如已服刑完毕且未被重新追责），用人单位不得仅以“隐瞒犯罪记录”为由解除合同，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。

2. 若犯罪记录涉及岗位禁止性规定（如金融从业资格、教师资格等）
   根据《行业准入管理办法》及《劳动合同法》第四十条，若员工因犯罪记录丧失特定岗位资质（如证券从业资格被吊销），导致劳动合同无法继续履行，用人单位可提前30日通知或支付代通知金（N+1）后解除合同。但需注意：用人单位需证明该岗位与犯罪记录存在直接关联性，且无法通过调整岗位等方式避免合同解除。

3. 若用人单位在招聘时明确要求员工申报犯罪记录，且员工故意隐瞒
   根据《劳动合同法》第二十六条，若员工以欺诈手段使用人单位在违背真实意思的情况下订立劳动合同，合同可被认定为无效。此时用人单位可解除合同且无需支付补偿，但需承担举证责任（如招聘公告、员工签署的诚信承诺书等）。若用人单位未在招聘环节明确要求申报，则难以主张合同无效。

实务建议：

• 用人单位应完善招聘流程，在入职材料中明确要求员工申报犯罪记录，并留存书面确认文件；
  
• 定期核查员工资质（如通过“中国裁判文书网”查询），但需注意隐私保护；
  
• 解除合同前需评估犯罪记录与岗位的关联性，避免滥用解除权引发劳动争议。
  

员工应对：
若被用人单位以犯罪记录为由解除合同，可要求用人单位出具书面解除通知，并核查解除依据是否符合法律规定。如认为解除违法，可申请劳动仲裁主张赔偿金。

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