关于入职体检查甲肝是否合法的问题，这主要取决于具体的岗位需求以及相关法律法规的规定。

首先，我们需要明确的是，对于一般的岗位，用人单位通常无权强制要求入职者进行甲肝等传染病的专项检查，除非该岗位有特殊的健康要求。这是因为我国就业促进法明确规定，用人单位招用人员时，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用。这一规定旨在保护劳动者的就业权益，防止就业歧视。

然而，对于某些特殊岗位，如食品生产经营、餐饮服务等直接接触食品或公众卫生的行业，法律则有更为严格的规定。例如，《中华人民共和国食品安全法》就明确规定，食品生产经营者不得安排未取得健康证明或者患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员从事接触直接入口食品的工作。甲型病毒性肝炎作为一种有碍公共卫生的疾病，如果求职者患有此病并试图从事餐饮行业，那么用人单位在依法进行健康检查时发现这一情况，是有权拒绝录用的。

在实际操作中，用人单位为了保障工作场所的健康安全，可能会统一指定与本单位有合作的医院进行入职体检，或者要求劳动者自行体检并提交完整的体检报告。在这个过程中，用人单位应当确保体检项目的合法性和合理性，不得违反法律法规的规定强制要求入职者进行不必要的检查。

综上所述，入职体检查甲肝是否合法，取决于具体的岗位需求和法律法规的规定。对于一般岗位，用人单位通常无权强制要求；而对于特殊岗位，如食品生产经营、餐饮服务等，则可能需要根据法律法规的要求进行相应的健康检查。因此，建议用人单位在制定入职体检政策时，务必咨询专业法律人士的意见，确保政策的合法性和合规性。同时，求职者也有权了解并维护自己的合法权益，在面对不合理的体检要求时，可以依法进行维权。