您好，关于入职体检查乙肝两对半是否合法的问题，我可以给您一个详细且清晰的解答。

首先，根据我国相关法律法规和政策规定，在就业体检中，用人单位不得要求求职者进行乙肝项目检测。这一规定主要基于《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》（人社部发〔2010〕12号）以及后续的相关通知和文件，如人社部发〔2011〕25号和卫办政法发〔2011〕14号等。

这些政策文件明确指出，为了切实维护乙肝表面抗原携带者的入学和就业权利，防止就业歧视，各级各类医疗机构在就业体检中，无论受检者是否自愿，一律不得提供乙肝项目检测服务。同时，用人单位也不得以任何借口要求求职者接受乙肝项目检测。

对于非就业体检，如果受检者本人主动要求进行乙肝项目检测，医疗机构在妥善保存好受检者签署的知情同意书的前提下，可以制发独立于常规体检报告的乙肝项目检测结果报告。但这一结果报告也仅限于受检者本人或其指定的人员领取，并且体检报告应当完全密封，确保受检者的隐私权。

此外，地方各级卫生行政部门对收到的违规开展乙肝项目检测的投诉、举报等，会进行调查核实。凡查证属实、违反规定的，一律会予以通报批评，并依法依规严肃处理。

因此，入职体检查乙肝两对半是不合法的。如果您在求职过程中遇到用人单位要求进行乙肝项目检测的情况，您可以拒绝并保留相关证据，向当地的人力资源社会保障行政部门或卫生行政部门进行投诉和举报。

希望这个解答能够帮助您更好地了解相关政策规定，维护自己的合法权益。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。