针对您描述的情况，甲方在未收到款项但乙方已将发票报销的情况下，甲方可通过协商、法律途径或税务举报等方式维护自身权益，具体需结合合同条款和实际情况处理。以下是详细分析：

1. 优先协商解决，明确付款责任

• 核心依据：根据《民法典》第五百七十七条，乙方未按约定支付款项构成违约，甲方有权要求其履行付款义务。
• 操作建议：
  • 立即与乙方沟通，要求其说明未付款原因，并明确付款期限（如书面催告函）。
  • 若乙方以“已报销”为由拒绝付款，可要求其提供报销凭证（如内部审批记录、资金流向证明），核实款项是否实际支付给第三方或存在挪用。
  • 关键点：保留沟通记录（邮件、微信等），作为后续法律程序的证据。

2. 审查合同条款，固定违约证据

• 核心依据：若双方签订了书面合同，需重点审查以下条款：
  • 付款方式（如预付款、分期付款、验收后付款等）；
  • 发票开具与付款的先后顺序（如“先款后票”或“先票后款”）；
  • 违约责任（如逾期付款的利息、违约金等）。
• 操作建议：
  • 若合同明确约定“乙方收到发票后X日内付款”，则乙方行为构成违约，甲方可直接依据合同主张权利。
  • 若合同未约定付款时间，根据《民法典》第六百二十八条，乙方应在收到标的物（或服务）同时支付款项，发票开具时间不影响付款义务。

3. 通过法律途径追讨款项

• 诉讼/仲裁：
  • 若协商无果，甲方可向法院起诉或依据仲裁条款申请仲裁，要求乙方支付款项及逾期利息（LPR的1.5倍）。
  • 证据清单：合同、发票、送货单/服务完成证明、沟通记录、催告函等。
• 财产保全：
  • 为防止乙方转移资产，可在起诉前申请诉前财产保全，冻结其银行账户或等值财产。

4. 税务合规风险提示

• 乙方风险：
  • 若乙方将发票报销但未实际支付款项，可能涉嫌“虚开发票”（如无真实交易背景）或“偷逃税款”（如将款项挪作他用未申报纳税）。
  • 甲方可向当地税务局举报乙方的违法行为，税务机关将介入调查并可能对乙方处罚。
• 甲方风险：
  • 甲方需确保发票开具与实际交易一致，避免被认定为“协助虚开”。若乙方未付款，甲方应留存证据证明交易真实性（如合同、物流记录等）。

5. 特殊情形处理

• 若乙方破产或失联：
  • 立即向法院申请乙方破产，并在破产程序中申报债权。
  • 若乙方为个人，可申请强制执行其财产（如房产、车辆等）。
• 若发票已抵扣税款：
  • 乙方将发票抵扣税款后未付款，甲方可要求其返还税款损失（需证明抵扣行为与未付款的因果关系）。

总结建议

1. 立即行动：拖延可能导致证据灭失或乙方转移资产，建议尽快启动协商或法律程序。
2. 综合策略：结合协商、法律追讨和税务举报，形成压力迫使乙方付款。
3. 预防措施：未来交易中建议在合同中明确“发票开具不视为付款完成”，并约定“先款后票”或分期付款条款。

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