结论前置：公司直接辞退员工时，确实应当清算工资，且根据法律规定，应在解除或终止劳动合同时一次性付清。

一、法律规定与工资清算原则

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一规定明确了公司在辞退员工时，必须立即清算并支付员工应得的工资，这是法律对劳动者及时获得劳动报酬的保障。

二、不同辞退情形下的工资清算

1. 合法辞退：

   • 若公司因员工严重违反规章制度、严重失职等原因合法辞退员工，仍需按照法律规定立即结算工资。员工的过错不能成为公司拖欠工资的理由。
   • 工资应按照员工实际工作的天数和对应的工资标准进行计算，包括加班工资等，均应一次性付清。

2. 违法辞退：

   • 若公司违法辞退员工，如未提前通知、未支付经济补偿等，员工除有权要求公司结算工资外，还有权要求公司支付赔偿金。
   • 赔偿金的标准通常为经济补偿标准的二倍，具体根据员工的工作年限和工资水平确定。

三、工资清算的具体操作与注意事项

1. 工资计算：

   • 工资应按照员工实际工作的天数和对应的工资标准进行计算，包括基本工资、加班工资、奖金等。
   • 加班工资的计算应遵循法定标准，如平时加班1.5倍，周末2倍，法定节假日3倍。

2. 经济补偿与赔偿金：

   • 若公司合法辞退员工且需要支付经济补偿，经济补偿应按照员工的工作年限计算，每满一年支付一个月工资，不满一年按实际情况折算。
   • 若公司违法辞退员工，需支付赔偿金，赔偿金为经济补偿标准的二倍。

3. 离职手续与证据保留：

   • 公司在辞退员工时，应办理相关的离职手续，如出具离职证明、结算社保和公积金等。
   • 员工应保留好劳动合同、工资单、辞退通知等相关证据，以备不时之需。这些证据在发生争议时将起到关键作用，有助于员工维护自己的合法权益。

四、未按时清算工资的法律后果

若公司未能按时清算工资，将构成违法行为，需承担相应的法律责任。员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。劳动监察部门有权责令公司限期支付工资；逾期不支付的，还将责令公司按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。

五、总结与建议

公司在辞退员工时，必须严格按照法律规定及时清算并一次性付清工资，同时办理好相关手续。这不仅是法律的要求，也是维护企业良好形象和避免不必要法律纠纷的重要举措。员工也应了解自己的权益，遇到问题时积极通过法律途径维护自身合法权益。若您在公司辞退员工或工资清算方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。