结论前置：劳动合同中约定的基本工资低于实际发放的工资，只要不低于当地最低工资标准且不违反合同其他约定，本身并不违法。但为了保障自身权益，劳动者应确保保留相关证据，并在必要时通过合法途径维权。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性分析

1. 法律依据：根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同中约定的工资只要不低于当地最低工资标准，且未违反合同中的其他条款，即为合法。实际工资高于合同约定，可能包含绩效工资、奖金等变动收入部分。

2. 实践情况：用人单位可能出于降低税费及社保成本的考虑，在劳动合同中约定较低的工资数额。然而，这种做法虽然不直接违法，但可能影响劳动者在计算加班工资、年假工资、病假工资及工伤、失业待遇时的权益，因为这些待遇的计算往往以合同约定的工资为基础（但实际裁判中，法院或仲裁机构可能会以实际工资为准进行裁判，具体需结合案情判断）。

二、风险与影响

1. 对劳动者的风险：

   • 权益受损：在计算相关待遇时，如按合同低工资标准执行，劳动者将遭受损失。
   • 赔偿减少：在劳动纠纷中，经济补偿金、赔偿金等可能按合同约定的低工资标准计算，降低劳动者应得金额。

2. 对用人单位的风险：

   • 法律诉讼：若未按实际工资支付劳动报酬或提供劳动条件，劳动者有权解除劳动合同并要求经济补偿。
   • 行政处罚：用人单位未按时足额支付劳动报酬的，劳动行政部门可责令限期支付，并可能加付赔偿金。

三、应对措施与建议

1. 协商明确：劳动者应与用人单位友好协商，要求按照实际工资重新签订劳动合同或补充协议，明确真实工资数额。这是最直接且有效的方式，可以避免后续的纠纷。

2. 保留证据：劳动者应妥善保存银行工资流水明细、工资条、奖金发放记录等能证明实际工资水平的证据。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。

3. 法律维权：

   • 投诉举报：在协商无果的情况下，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。
   • 申请仲裁：劳动者还可以依法申请劳动争议仲裁，要求用人单位按照实际工资标准支付相应待遇。
   • 提起诉讼：对仲裁结果不满意的，劳动者可以在规定时间内向有管辖权的人民法院提起诉讼。

4. 合规操作：用人单位应遵守法律法规，按时足额支付劳动报酬，避免因违法行为引发法律纠纷和经济损失。同时，用人单位也应考虑与劳动者明确约定工资构成及支付方式，以减少不必要的纠纷。

四、相关法律法规

• 《劳动合同法》：规定用人单位应及时足额支付劳动报酬，未支付或提供劳动条件的，劳动者可解除劳动合同并要求经济补偿。
• 《关于工资总额组成的规定》：明确工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资等所有组成部分。
• 《中华人民共和国劳动法》第四十八条：国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

总结与建议：劳动合同中约定的工资低于实际工资虽不直接违法，但双方应明确约定并确保实际履行符合法律法规。劳动者应保留好相关证据，并在必要时通过合法途径维权。用人单位则应遵守法律法规，按时足额支付劳动报酬，以维护和谐的劳动关系。如果您在劳动工伤或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。