结论前置：劳动合同约定的工资低于实际基本工资时，一般应以实际发放的工资为准，但具体还需结合实际情况和相关法律规定来综合判断。
详细分析：
从合同效力角度：
- 劳动合同是双方自愿、平等协商后签订的，具有法律约束力。然而，如果合同中的工资条款与实际发放的工资不符，且这种不符并非由于双方协商一致后的变更，而是单方面行为或误解导致的，那么该条款可能因违反公平、诚实信用原则而面临被挑战的风险。
- 在实际操作中，如果劳动者能提供充分证据证明实际工资高于合同约定，法院或仲裁机构往往会倾向于保护劳动者的合法权益，认定实际工资为双方真实意思表示。
从法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果劳动合同约定的工资低于实际发放的工资，且这种差异不是由于双方协商一致后的合法变更，那么用人单位可能构成未足额支付劳动报酬的违法行为。
- 此外，如果劳动者因用人单位未足额支付工资而提出解除劳动合同，用人单位还可能需要支付经济补偿金。
从实际操作角度：
- 劳动者在发现劳动合同约定的工资低于实际基本工资时，应及时与用人单位沟通，要求按照实际工资水平签订补充协议或变更劳动合同。
- 如果用人单位拒绝变更，劳动者可以保留相关证据（如工资条、银行转账记录等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 在争议解决过程中，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位按照实际工资水平支付工资及可能的经济补偿金。
特殊情况说明：
- 如果劳动合同中明确约定了工资调整机制（如根据工作表现、公司业绩等因素定期调整工资），且这种调整机制是合法、合理的，那么即使调整后的工资高于原合同约定，也应视为双方协商一致的结果，具有法律效力。
- 另外，如果劳动者在签订劳动合同时对工资条款存在误解或受到欺诈、胁迫等情形，导致签订的工资条款显失公平，劳动者也有权在法定期限内请求撤销或变更该条款。
建议：
- 劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利等关键条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果发现劳动合同约定的工资低于实际基本工资，应及时与用人单位沟通并寻求解决方案。
- 在争议解决过程中，劳动者应保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
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