结论：公司签订五年合同并约定违约金是否违法，不能一概而论，需根据违约金的性质、适用对象及具体情形来判断。以下从不同角度详细分析：
一、违约金在劳动合同中的适用限制
根据《劳动合同法》第二十五条，劳动合同中仅能约定两种违约金情形：
- 专项培训服务期违约金：若公司为员工提供专项培训费用并约定服务期，员工违反服务期约定时，公司可要求支付违约金，但金额不得超过培训费用且需按未履行服务期比例分摊。
示例：公司支付10万元培训费，约定5年服务期，员工工作2年后离职，违约金最多为10万×(3⁄5)=6万元。
- 竞业限制违约金：对负有保密义务的员工，公司可在竞业限制协议中约定违约金，但需同时按月支付经济补偿。若未支付补偿，员工有权拒绝履行竞业限制义务且无需支付违约金。
若合同中约定的违约金超出上述两种情形（如约定“未满五年离职需支付X万元违约金”），则属于违法条款，员工无需履行。
二、违约金在普通民事合同中的适用规则
若合同属于民事合同（如买卖、租赁、服务合同等），则适用《民法典》第五百八十五条：
- 合法性前提：双方可约定违约金，但需以实际损失为基础，不得过分高于或低于损失（司法实践中，超过损失30%的可能被认定为“过高”）。
示例：合同约定违约方需支付10万元违约金，若实际损失仅5万元，法院可能将违约金调整至6.5万元（5万×130%）。
- 调整机制：若一方主张违约金过高或过低，可请求法院或仲裁机构调整，法院会综合合同履行情况、过错程度、预期利益等因素裁决。
三、公司可能面临的法律后果
- 劳动合同中违法约定违约金：
- 员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认违约金条款无效；
- 公司若以此为由扣发工资或要求赔偿，可能被认定为违法克扣工资，需支付经济补偿。
- 民事合同中违约金约定不当：
- 违约方可主张调整违约金金额；
- 若公司拒不调整，法院可能直接减少违约金数额，甚至驳回全部违约金请求。
四、给您的建议
- 审查合同类型：先确认合同性质（劳动合同还是民事合同），劳动合同违约金限制更严格；
- 核对违约金条款：检查是否属于法律允许的两种情形（服务期/竞业限制），或是否符合实际损失比例；
- 协商或诉讼：若公司坚持要求支付违法违约金，可先协商，协商不成可通过劳动仲裁（劳动合同）或诉讼（民事合同）解决。
如有具体合同条款或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合条款内容为您进一步分析。