和公司签订合作协议时约定违约金是合法的，但违约金的设定和适用需遵循一定的法律规则。以下从多个角度为你详细分析：

一、违约金的合法性基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，在合作协议中约定违约金是法律所允许的，是双方意思自治的体现。

二、违约金的设定原则

1. 合理性原则：违约金的数额应当与因违约所造成的损失相当，不能过高或过低。如果违约金过高，违约方可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少；如果违约金过低，守约方也可以请求增加。

2. 明确性原则：合作协议中应当明确约定违约金的数额或计算方法，以便在违约发生时能够迅速确定违约金的金额。

三、违约金的适用情形

在合作协议中，违约金通常适用于以下情形：

1. 未履行合同义务：如一方未按照协议约定的时间、地点、方式等履行其义务，构成违约，应当支付违约金。

2. 履行不符合约定：如一方虽然履行了合同义务，但履行结果不符合协议约定的标准或要求，也构成违约，可能需要支付违约金。

3. 其他违约行为：如一方违反协议中的保密义务、竞业限制义务等，也可能需要支付违约金。

四、违约金的法律后果

1. 支付违约金：违约方应当按照协议约定的数额或计算方法向守约方支付违约金。

2. 继续履行或采取补救措施：在支付违约金的同时，违约方可能还需要继续履行合同义务或采取补救措施，以减轻或消除违约造成的损失。

3. 赔偿损失：如果违约金不足以弥补守约方因违约所遭受的损失，守约方还可以要求违约方赔偿剩余损失。

五、实际案例与建议

在实际操作中，我们遇到过许多因合作协议中违约金条款设置不当而引发的纠纷。例如，有的协议中约定的违约金过高，导致违约方在违约后承担了过重的经济负担；有的协议中则未明确约定违约金的数额或计算方法，导致在违约发生时双方无法达成一致意见。

因此，我建议你：

1. 在签订合作协议时，务必明确约定违约金的数额或计算方法，并确保其合理性。
2. 在协议履行过程中，密切关注对方的履行情况，一旦发现违约行为，及时采取措施维护自己的合法权益。
3. 如果遇到复杂的违约情况或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的利益。

如果你有任何关于合作协议或违约金方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。